Visualisering av SARS-CoV-2 ved hjelp av Immuno RNA-Fluorescence In Situ Hybridization

Dette manuskriptet gir en protokoll for in situ hybridiseringskjedereaksjon (HCR) kombinert med immunfluorescens for å visualisere alvorlig akutt respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA i cellelinje og tredimensjonale (3D) kulturer av menneskelig luftveisepiteli. Metoden tillater svært spesifikk og sensitiv visualisering av viral RNA ved å stole på HCR initiert av sondelokalisering. Split-initiator sonder bidrar til å forsterke signalet av fluorescerende merkede forsterkere, noe som resulterer i ubetydelig bakgrunnsfluorescens i konfektmikroskopi. Merking av forsterkere med forskjellige fluorescerende fargestoffer letter samtidig anerkjennelse av ulike mål. Dette gjør det igjen mulig å kartlegge infeksjonen i vev for bedre å forstå viral patogenese og replikasjon på encellet nivå. Kobling av denne metoden med immunfluorescens kan lette bedre forståelse av vert-virus interaksjoner, inkludert veksling av verten epigenom og immunrespons veier. På grunn av sensitiv og spesifikk HCR-teknologi kan denne protokollen også brukes som et diagnostisk verktøy. Det er også viktig å huske at teknikken lett kan endres for å muliggjøre deteksjon av RNA, inkludert ikke-kodende RNAer og RNA-virus som kan dukke opp i fremtiden.