Teknik destek için Bing Ye, Nathan Spix ve Hao Liu'ya teşekkür ederiz. Bu çalışma Ulusal Sağlık Hibeleri Enstitüsü EY022640 (D.-Q.Z.) ve Oakland Üniversitesi Provost Lisans Öğrenci Araştırma Ödülü (E.J.A.) tarafından desteklendi.

Fare bakımı ve tüm deneysel prosedürler laboratuvar hayvanları için Ulusal Sağlık Enstitüleri yönergelerine göre yürütüldü ve Oakland Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komiteleri tarafından onaylandı (protokol no. 18071).
NOT: Çözümlerin adları ve kompozisyonları Tablo 1'de listelenmiştir.
1. Doku hazırlama
<ol><li>Fareyi aşırı dozda CO2ile ötenazi , ardından servikal çıkık.</li>
	<li>Göz...

<ol>
	<li>Witkovsky, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dopamine+and+retinal+function.">Dopamine and retinal function.</a> Documenta Ophthalmologica. 108 (1), 17-40 (2004).</li><li>McMahon, D. G., Iuvone, P. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circadian+organization+of+the+mammalian+retina:+from+gene+regulation+to+physiology+and+diseases.">Circadian organization of the mammalian retina: from gene regulation to physiology and diseases.</a> Progress in Retinal and Eye Research. 39, 58-76 (2014).</li><li>Prigge, C. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=M1+ipRGCs+Influence+Visual+Function+through+Retrograde+Signaling+in+the+Retina.">M1 ipRGCs Influence Visual Function through Retrograde Signaling in the Retina.</a> Journal of Neuroscience. 36 (27), 7184-7197 (2016).</li><li>Zhang, D. Q., Belenky, M. A., Sollars, P. J., Pickard, G. E., McMahon, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Melanopsin+mediates+retrograde+visual+signaling+in+the+retina.">Melanopsin mediates retrograde visual signaling in the retina.</a> PLoS One. 7 (8), 42647 (2012).</li><li>Liu, L. L., Alessio, E. J., Spix, N. J., Zhang, D. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+of+GluA2-containing+calcium-impermeable+AMPA+receptors+on+dopaminergic+amacrine+cells+in+the+mouse+retina.">Expression of GluA2-containing calcium-impermeable AMPA receptors on dopaminergic amacrine cells in the mouse retina.</a> Molecular Vision. 25, 780-790 (2019).</li><li>Liu, L. L., Spix, N. J., Zhang, D. Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NMDA+Receptors+Contribute+to+Retrograde+Synaptic+Transmission+from+Ganglion+Cell+Photoreceptors+to+Dopaminergic+Amacrine+Cells.">NMDA Receptors Contribute to Retrograde Synaptic Transmission from Ganglion Cell Photoreceptors to Dopaminergic Amacrine Cells.</a> Frontiers in Cellular Neuroscience. 11, 279 (2017).</li><li>Chung, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+and+molecular+interrogation+of+intact+biological+systems.">Structural and molecular interrogation of intact biological systems.</a> Nature. 497 (7449), 332 (2013).</li><li>Poguzhelskaya, E., Artamonov, D., Bolshakova, A., Vlasova, O., Bezprozvanny, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+method+to+perform+CLARITY+imaging.">Simplified method to perform CLARITY imaging.</a> Molecular Neurodegeneration. 9, 19 (2014).</li><li>Epp, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimization+of+CLARITY+for+Clearing+Whole-Brain+and+Other+Intact+Organs.">Optimization of CLARITY for Clearing Whole-Brain and Other Intact Organs.</a> eNeuro. 2 (3), (2015).</li><li>Magliaro, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Clarifying+CLARITY:+Quantitative+Optimization+of+the+Diffusion+Based+Delipidation+Protocol+for+Genetically+Labeled+Tissue.">Clarifying CLARITY: Quantitative Optimization of the Diffusion Based Delipidation Protocol for Genetically Labeled Tissue.</a> Frontiers in Neuroscience. 10, 179 (2016).</li><li>Yang, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+phenotyping+within+transparent+intact+tissue+through+whole-body+clearing.">Single-cell phenotyping within transparent intact tissue through whole-body clearing.</a> Cell. 158 (4), 945-958 (2014).</li><li>Zheng, H., Rinaman, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simplified+CLARITY+for+visualizing+immunofluorescence+labeling+in+the+developing+rat+brain.">Simplified CLARITY for visualizing immunofluorescence labeling in the developing rat brain.</a> Brain Structure and Function. 221 (4), 2375-2383 (2016).</li><li>Witkovsky, P., Arango-Gonzalez, B., Haycock, J. W., Kohler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rat+retinal+dopaminergic+neurons:+differential+maturation+of+somatodendritic+and+axonal+compartments.">Rat retinal dopaminergic neurons: differential maturation of somatodendritic and axonal compartments.</a> Journal of Comparative Neurology. 481 (4), 352-362 (2005).</li></ol>

Tüm montajlı retinalar için CLARITY protokolünün değiştirilmesi. Daha önceki çalışmaların çoğunda kullanıldığı gibi vakum tahliyesi veya tahliye odasına ihtiyaç duymadan yeterli polimerizasyon elde etmek için CLARITY protokolünü basitleştirdik7,9,11. Polimerizasyon işlemi oksijen tarafından inhibe edilir ve protokolün polimerizasyon adımı sırasında numunenin havadan izole edilme...

Omurgalı retina, merkezi sinir sisteminin (CNS) belki de en erişilebilir kısmıdır ve beynin gelişimini, yapısını ve işlevini incelemek için mükemmel bir model görevi görür. Retinadaki beş nöron sınıfı, iki pleksiform katmanla ayrılmış üç nükleer katmanda dağıtılır. Dış nükleer tabaka (ONL), ışığı elektrik sinyallerine dönüştüren klasik fotoreceptörlerden (çubuklar ve koniler) oluşur. Elektrik sinyalleri, bipolar, yatay ve amakrin hücreler de dahil olmak üzere iç nükleer tabakadaki (INL) nöronlar tarafından işlenir ve daha sonra ganglion hücre tabakasındaki (GCL) retinal ganglion hücrelerine (RGC' ler) iletilir. RGC'ler retinanın çıkış nöronlarıdır, aksonlar görüntü oluşturan ve görüntü oluşturmayan görsel işleve katkıda bulunmak için beyne yansıtır. Ek olarak, üç tür glial hücre (Muller hücreleri, astroglia ve mikroglia) nöronlara besin sağlar ve nöronları hücre dışı ortamlarındaki zararlı değişikliklerden korur.
Amakrin hücrelerinin özel bir alt nüfus, CNS'de önemli bir nöromodülatör olan dopamin üretir ve serbest bırakır, ışık adaptasyonu sırasında retinal sinir devrelerini yeniden yapılandırır1,2. Dopaminerjik amakrin hücreler (DAC' ler) morfolojik profillerin benzersiz bir özelliğine sahiptir. Somataları proksimal INL'de bulunur ve dendritler iç pleksiform tabakanın (IPL) en distal kısmında ortaya çıkar. DAC'lerin akson benzeri süreçleri boyasız, ince ve uzun, seyrek dallıdır ve varikoziteleri taşır (dopamin salınım bölgeleri). AII amacrine hücrelerinin somata etrafındaki halka benzeri yapılar da dahil olmak üzere IPL'de dendritleri olan yoğun bir pleksus oluştururlar. Aksonlar ayrıca INL'den OPL'ye doğru ilerler ve retina3boyunca santrifüj bir yol oluşturur. DAC süreçlerinin, bipolar hücreler ve özünde ışığa duyarlı retina ganglion hücreleri (ipRGC'ler)4,5,6dahil olmak üzere presynaptik nöronlardan glutamat salınımı yanıt olarak reseptörleri ifade ettiğini gösterdik. Bununla birlikte, glutamat reseptörlerinin aksonlar, dendritler veya her ikisi de dikey retina bölümlerinde kesildiğinden ve birbirinden ayırt edilemediğinden ifade edip etmediği belirsizdir5,6. DAC'lerin üç boyutlu dallanmalarını ve hücre altı bölmelerde glutamat reseptörlerinin varlığını ortaya çıkarmak için tüm montajlı retinalarda immünostaining yapılması gerekir. Retina nispeten şeffaf olmasına rağmen, bir farenin tam montajlı retina kalınlığı yaklaşık 200 μm'dir, bu da antikorların derin dokuya nüfuz etmesini sınırlar ve doku ışığı saçılım nedeniyle yüksek çözünürlüklü görüntüleme için ışık penetrasyonunu azaltır. Bu sınırlamaların üstesinden gelmek için, son zamanlarda kalın beyin bölümleri için geliştirilen immünostaining uyumlu doku hidrojel delipidasyon yöntemini (CLARITY) tüm montajlı fare retinalarına uyarladık7.
CLARITY yöntemi başlangıçta Kalın beyin örneklerinin immünostaining ve görüntüleme için Deisseroth laboratuvarı tarafından geliştirilmiştir7. Lipid bileşenlerini (doku ışığının saçılmasına neden olan) çıkarmak için proteinleri ve nükleik asitleri yerinde bırakarak güçlü bir deterjan, sodyum dodecyl sülfat (SDS) ve elektroforezi kullanır. Çıkarılan lipitler, kalan protein yapısını desteklemek için akrilamid gibi hidrojel monomerlerden oluşan şeffaf bir iskele ile değiştirilir. Temizlenen doku immünhistokimya ile etiketlenebilir ve doku boyunca önemli ölçüde artan ışık penetrasyon derinliği ile görüntülenebilir (doku yüzeyinin birkaç milimetre altına kadar). O zamandan beri CLARITY yöntemi birkaç araştırma grubu8, 9,10tarafından optimize edilmiş ve basitleştirilmiştir. Değiştirilmiş bir CLARITY protokolü, tüm beyni ve diğer sağlam organları temizlemek için elektroforez tarafından üretilen olası doku hasarını önlemek için pasif bir temizleme tekniği kullanır11. Ancak bu yöntem henüz tam mount retinalara uygulanmamıştır. Burada, pasif CLARITY tekniğini tüm mount retinalar için immünhistokinoloji ve görüntüleme için daha şeffaf hale getirmek için uyarladık. İmmünohistokinoloji için test edilen retina proteinlerinin çoğunluğunun bu süreçte korunduğunu tespit ettik. Kırma indeksi eşleştirme solüsyonını kullanarak, retina nöronlarını ONL'den GCL'ye kadar yaklaşık 200 μm kalınlığında tüm montajlı retinalarda görüntüleyebildik.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>16% Paraformaldehyde</td>
			<td>Electron Microscopy Sciences</td>
			<td>15710</td>
			<td>Fixative</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acrylamide</td>
			<td>Fisher Biotech</td>
			<td>BP170</td>
			<td>Hydrogel monomer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Axio Imager.Z2</td>
			<td>Zeiss</td>
			<td></td>
			<td>Fluorscence microscope</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSA</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1600</td>
			<td>Blocking agent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eclipse Ti</td>
			<td>Nikon Instruments</td>
			<td></td>
			<td>Scanning confocal microscope</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KCl</td>
			<td>VWR</td>
			<td>BDH0258</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KH2PO4</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P5655</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2HPO4</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S9763</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaH2PO4</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S0751</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaN3</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S2002</td>
			<td>Bacteriostatic preservative</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NDS</td>
			<td>Aurion</td>
			<td>900.122</td>
			<td>Blocking agent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NIS Elements AR</td>
			<td>Nikon</td>
			<td></td>
			<td>Image analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610301</td>
			<td>Delipidation agent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sorbitol</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>51876</td>
			<td>Buffer component</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton-X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td>Surfactant</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tween-20</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP337</td>
			<td>Surfactant</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>VA-044</td>
			<td>Wako Chemicals</td>
			<td>011-19365</td>
			<td>Thermal initiator</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

immunostaining of whole-mount retinas with the clarity tissue clearing method

Başlangıçta Deisseroth laboratuvarı tarafından geliştirilen doku hidrojel delipidasyon yöntemi (CLARITY), kalın beyin örneklerinin immünostainasyonu ve görüntülenmesi için değiştirilmiş ve yaygın olarak kullanılmıştır. Ancak, bu ileri teknoloji henüz tam montajlı retinalar için kullanılmamıştır. Retina kısmen şeffaf olmasına rağmen, yaklaşık 200 μm kalınlığı (farelerde) hala antikorların derin dokuya nüfuzunu sınırlar ve yüksek çözünürlüklü görüntüleme için ışık penetrasyonunu azaltır. Burada, protein kaybını en aza indirmek ve doku hasarını önlemek için akrilamid monomer ile polimerleştirerek nanoporöz bir hidrojel oluşturmak ve daha sonra sodyum dodecyl sülfatta temizlemek için tüm mount fare retinaları için CLARITY yöntemini uyarladık. CLARITY ile işlenmiş retinalar, retina nöronları, glial hücreler ve sinaptik proteinler için antikorlarla immünostain edildi, kırılma indeksi eşleştirme çözeltisine monte edildi ve görüntülendi. Verilerimiz CLARITY'nin retina nöronları ve glial hücreler için standart immünohistokimyasal boyama ve görüntüleme kalitesini tam montajlı hazırlıkta artırabileceğini göstermektedir. Örneğin, dopaminerjik amakrin hücrelerin ince akson benzeri ve dendritik yapılarının 3D çözünürlüğü CLARITY tarafından çok daha iyi hale getirildi. İşlenmemiş tam montajlı retinalarla karşılaştırıldığında CLARITY, postinaptik yoğunluk proteini 95 gibi sinaptik proteinler için immünostaining ortaya çıkarabilir. Sonuçlarımız, CLARITY'nin lipitlerin çıkarılmasından sonra retinayı daha optik olarak şeffaf hale getirdiğini ve retina nöronlarının ve proteinlerinin ince yapılarını koruduğunu ve retina nöronlarının ve bunların hücre altı yapılarının tüm montajlı preparat içinde yüksek çözünürlüklü görüntülemesi için rutin olarak kullanılabileceğini göstermektedir.

Modifiye CLARITY işlenmiş retinalar optik olarak şeffaf dokudur. Yeterli delipidasyon sağlarken ve hücresel proteinlerin yapısal bütünlüğünü korurken retinadaki immünohistokimyasal uygulamalarla uyumlu bir doku temizleme yöntemi formüle etmek için CLARITY doku temizleme yöntemini tüm montajlı fare retinalarına uyarladık. Protokolü basitleştirebildik ve tam montajlı retinalar için modifiye edebildik (bkz. Protokol). Doku hibridizasyonu, temizleme ve kırılma indeksi eşleştir...

Watch this Scientific Journal Video about Immunostaining of Whole-Mount Retinas with the CLARITY Tissue Clearing Method at JoVE.com

Immunostaining of Whole-Mount Retinas with the CLARITY Tissue Clearing Method

Burada, standart immünohistokimyasal lekelenme ve retina nöronlarının ve bunların hücre altı yapılarının yüksek çözünürlüklü görüntüleme kalitesini artırmak için beyin dokularının CLARITY yöntemini tam montajlı retinalara uyarlamak için bir protokol sunuyoruz.

CLARITY Doku Temizleme Yöntemi ile Tüm Mount Retinaların İmmünasyonunun İmmünasyon

The tissue hydrogel delipidation method (CLARITY), originally developed by the Deisseroth laboratory, has been modified and widely used for immunostaining ...

Bu protokol, retinal nöronların ince morfolojisinin araştırılmasına izin verir ve hastalık durumlarında meydana gelen hücresel ve hücre altı morfolojik değişiklikler hakkında fikir verebilir. Bu yöntem retinanın optik şeffaflığını önemli ölçüde artırır ve hormon retina hazırlanmasında retina nöronlarının yüksek çözünürlüklü, üç boyutlu görüntüleme, devre kablolama ve ince alt hücresel yapılarına izin verir. Fare gözlerini kavisli asalarla enükle edin ve 0,1 M PBS'li küçük bir Petri kabına aktarın.Kornea sklera kavşağı boyunca küçük bir deliği diseksiyon mikroskobu altındaki iğne ile dürtün, ardından gözü bir saat boyunca% 4 güç formaldehitine aktarın. Gözü PBS'li bir tabağa geri aktarın. Diseksiyon mikroskobu altında, Korneoskleral kavşağın etrafını kesmek için diseksiyon makası kullanın.Korneayı ve lensi çıkarın. Daha sonra optik sinirin tabanında kesin ve retinayı izole etmek için sklerayı dikkatlice ön ayaklarla soyun. Retinanın etrafında eşit olarak dört küçük kesim yapın ve nitroselüloz filtre kağıdından kesilen küçük bir kare üzerinde yonca benzeri şekilde düz GCL tarafına koymak için PBS'ye batırılmış ince bir uç fırçası kullanın.Nitroselüloz kağıdın köşesini forsepsle alın ve bir saat boyunca% 4 güç formaldehitli 48 kuyu plakasına yerleştirin, ardından filtre kağıdını ve retinayı PBS ile bir kuyuya aktarın ve her biri beş dakika boyunca üç kez yıkayın. Buz üzerinde A4P0 çözeltisi çözün. Daha sonra retinayı A4P0 çözeltisine aktarın ve hafif ajitasyonla dört santigrat derecede bir gecede kuluçkaya yatırın.A4P0 çözeltisini tamamen örtmek için kuyuya bitkisel yağ ekleyin. 40 santigrat derecede bir su banyosunda üç saat boyunca titreme olmadan kuluçkaya yaslanın. Daha sonra PBS'de üç kez yıkama başına beş dakika yıkayın.Retinayı iki gün boyunca 40 santigrat derecede % 10 Sodyum dodecyl sülfatta hafifçe sallayarak kuluçkaya yatırın, ardından filtre kağıdını ve retinayı Triton X-100 ile PBS'ye aktarın ve yıkama başına 90 dakika boyunca beş kez yıkayın. Son yıkamadan sonra retinayı PBS-T'de % 0.01 sodyum azit ile dört santigrat derecede saklayın veya doğrudan immün boyamaya geçin. Retinayı PBS-T'de ince bir uç fırçasıyla hafifçe soyarak filtre kağıdından çıkarın.Birincil antikorda inkübe edilmiş, 40 santigrat derecede iki gün boyunca blokaj çözeltisinde seyreltilir ve hafifçe sallandı. Kuluçkadan sonra PBS-T'de 90 dakika boyunca beş kez yıkayın. Retinayı, 40 santigrat derecede iki gün boyunca bloke çözeltisinde seyreltilmiş uygun ikincil antikorlarla hafif titreme ile kuluçkaya yatırın.İşlemin geri kalanı boyunca numuneleri ışıktan koruyun. Retinayı 0,02 M fosfat tamponunda 90 dakika boyunca beş kez yıkayın. Son olarak retinayı sorbitol bazlı kırılma indeksi eşleştirme çözeltisinde bir gecede 40 santigrat derecede hafif titreme ile kuluçkaya yatırın.Cam mikroskop kaydırağının arkasında kare bir sınırı işaretlemek için ince uçlu kalıcı işaretleyicili bir cam kapak fişi anahattı. Slaydı ters çevirin ve slaydın önünde ince bir silikon gres çizgisi ile sınırı izlemek için bir şırınna kullanın. Fazla montaj çözeltisinin kaçması için bir köşede küçük bir boşluk bırakın.Retinayı sınırlanan bölgenin ortasına aktarın ve ince bir uç fırçası ile cam kaydırağın yanında fotoreceptör tarafıyla düz olacak şekilde konumlandırın. Pipet yaklaşık 60 mikrolitre sRIMS, böylece düzleştirilmiş retinayı kaplar ve muhafazanın bir köşesine uzanır. Retinanın düz ve yerinde kaldığından emin olun.SRIMS ile köşeden başlayarak kapak fişini uygulayın ve her taraftaki grese dokunana kadar yavaşça dirin. Monte retinanın her iki tarafına aralayıcı olarak üç kapak kayması yığını yerleştirin. Kapak fişini aşağı bastırmak için başka bir slaydın uzun kenarını kullanın, böylece Mount düz ve eşit olacak şekilde.Görüntülemeye kadar slaytları dört santigrat derecede saklayın. Slaydı mikroskop aşamasına yerleştirerek ve numuneyi bularak başlayın. Örneklerin Z yığılmış görüntülerini elde etmek için, önce her kanaldaki sinyale ayrı ayrı odaklanın ve floresan veya konfokal mikroskoplar için pozlama süresini veya tarama hızını sırasıyla ayarlayın.Odak düzlemini istediğiniz aralığın üst ve alt kısmına el ile ayarlayarak veya orta noktayı ayarlayıp orta noktanın etrafında bir aralık belirterek Z yığınının aralığını ayarlayın. Adım boyutunu veya dilim sayısını istediğiniz gibi ayarlayın. Görüntüyü yakalayın ve orijinal dosyayı kaydedin.Daha sonra TIF dosyası veya başka bir istenen biçim olarak dışa aktarıldı. Hem tek görüntülerde hem de Z yığınının üç boyutlu işlenmesinde optimum netlik elde edilene kadar her kanaldaki parlaklığı ve kontrastı ayarlamak için tercih edilen yazılım olan görüntü analizini kullanın. Modifiye CLARITY protokolü ile işlendiğinde, işlenmemiş kontrol retinalarına kıyasla retinanın kalınlığı boyunca tam optik saydamlık gözlendi.ONL'de Arrestin etiketli koniler için Z yığılmış görüntüler, INL'de DAC'ler etiketli TH ve GCL'de RBPMS işaretli RGC'ler burada gösterilmiştir. Kaplama görüntüsünde retinanın tüm kalınlığı boyunca nöronların göreceli konumu gözlendi. TH boyama ve CLARITY işlenmiş tüm Mount retinalar standart hazırlık elde edilen görüntülerle karşılaştırıldı.DAC'lerin dendritleri ve akson benzeri süreçleri, netlik işlenmiş retinada standart bir retinaya göre daha net bir şekilde ortaya çıkmıştır. DAC'lerin Axon benzeri süreçleri, standart bir retinaya kıyasla netlik retinasında tam halka benzeri yapılar sergiledi. Floresan mikroskopi kullanılarak alınan CLARITY retinanın halka benzeri yapıları konfokal mikroskopi kullanılarak gözlenenlerle neredeyse aynıydı.Akson benzeri işlemler de dış retinaya doğru akıp geçti. GluA2 ve PSD-95'e karşı immün boyama, sırasıyla AMPA reseptörleri ve putatif post sinaptik bölgeler içeren bireysel GluA2'yi ortaya çıkararak belirgin bir puncta gösterdi. Bir yer paylaşımı görüntüsü DAC işlemlerinde bazı puncta gösterdi.Putatif birlikte yerelleştirme noktaları XZ, YZ ve XY düzlemlerinde sunuldu ve TH hem GluA2 hem de PSD-95 ile net bir şekilde birlikte yerleştirildi. Hidrojel polimerizasyon işlemi sırasında retinanın düz kalması önemlidir, böylece temizlenmiş retina montaj ve görüntüleme işlemi için düz bir şekilde uzanabilir.