Triagem de fragmentos baseada em RMN em uma amostra mínima, mas no modo de automação máxima

A triagem baseada em fragmentos (FBS) é um conceito bem validado e aceito dentro do processo de descoberta de medicamentos, tanto na academia quanto na indústria. A maior vantagem da triagem de fragmentos baseada em RMN é sua capacidade não apenas de detectar ligantes acima de 7-8 ordens de magnitude de afinidade, mas também de monitorar a pureza e a qualidade química dos fragmentos e, assim, produzir acertos de alta qualidade e mínimos falsos positivos ou falsos negativos. Um pré-requisito dentro do FBS é realizar o controle de qualidade inicial e periódico da biblioteca de fragmentos, determinando a solubilidade e a integridade química dos fragmentos em buffers relevantes e estabelecendo várias bibliotecas para cobrir diversos arcabouços para acomodar várias classes alvo de macromoléculas (proteínas/RNA/DNA). Além disso, uma extensa otimização do protocolo de triagem baseada em RMN com relação às quantidades de amostra, velocidade de aquisição e análise no nível de construto biológico/espaço de fragmento, no espaço de condição (tampão, aditivos, íons, pH e temperatura) e no espaço ligante (análogos do ligante, concentração do ligante) é necessária. Pelo menos no meio acadêmico, esses esforços de triagem até agora foram realizados manualmente de forma muito limitada, levando a uma disponibilidade limitada de infraestrutura de triagem não apenas no processo de desenvolvimento de medicamentos, mas também no contexto do desenvolvimento de sondas químicas. A fim de atender aos requisitos economicamente, fluxos de trabalho avançados são apresentados. Eles aproveitam o mais recente hardware avançado de última geração, com o qual a coleta de amostras líquidas pode ser preenchida de forma controlada por temperatura nos tubos de RMN de maneira automatizada. ^1ºOs espectros baseados em ligantes de RMN H/¹⁹F são então coletados a uma dada temperatura. O trocador de amostras de alto rendimento (trocador de amostras HT) pode lidar com mais de 500 amostras em blocos com temperatura controlada. Isso, juntamente com ferramentas avançadas de software, acelera a aquisição e análise de dados. Além disso, a aplicação de rotinas de triagem em amostras de proteína e RNA são descritas para tornar ciente dos protocolos estabelecidos para uma ampla base de usuários em pesquisa biomacromolecular.