gP2S, et informationsstyringssystem til CryoEM-eksperimenter

Kryogene elektronmikroskopi (cryoEM) er blevet en integreret del af mange lægemiddelopdagelsesprojekter, fordi krystallografi af proteinmålet ikke altid er opnåeligt, og cryoEM giver et alternativt middel til at understøtte strukturbaseret liganddesign. Når der beskæftiger sig med et stort antal forskellige projekter, og inden for hvert projekt et potentielt stort antal ligand-protein co-strukturer, nøjagtig registrering hurtigt bliver udfordrende. Mange eksperimentelle parametre er indstillet for hvert mål, herunder ved prøveforberedelsen, gitterforberedelse og mikroskopistadier. Derfor kan nøjagtig registrering være af afgørende betydning for at muliggøre langsigtet reproducerbarhed og for at lette effektivt teamwork, især når trin i cryoEM-arbejdsgangen udføres af forskellige operatører. For at hjælpe med at håndtere denne udfordring udviklede vi et webbaseret informationsstyringssystem til cryoEM, kaldet gP2S.

Ansøgningen holder styr på hvert forsøg, fra prøve til endelig atommodel, i forbindelse med projekter, en liste, som opretholdes i ansøgningen, eller eksternt i et separat system. Brugerdefinerede styrede ordforråd for forbrugsvarer, udstyr, protokoller og software hjælper med at beskrive hvert trin i cryoEM-arbejdsgangen på en struktureret måde. gP2S kan i vid udstrækning konfigureres og kan, afhængigt af teamets behov, eksistere som et selvstændigt produkt eller være en del af et bredere økosystem af videnskabelige applikationer, der via REST API'er integreres med projektstyringsværktøjer, applikationer, der sporer produktionen af proteiner eller af små molekyler, eller applikationer, der automatiserer dataindsamling og -lagring. Brugere kan registrere oplysninger om hver gitter- og mikroskopisession, herunder vigtige eksperimentelle metadata og parameterværdier, og afstamningen af hver eksperimentel artefakt (prøve, gitter, mikroskopisession, kort osv.) registreres. gP2S fungerer som en cryoEM eksperimentel arbejdsgangsarrangør, der muliggør nøjagtig registrering for teams og er tilgængelig under en open source-licens.