gP2S, ein Informationsmanagementsystem für KryoEM-Experimente

Die kryogene Elektronenmikroskopie (kryoEM) ist zu einem integralen Bestandteil vieler Projekte zur Entdeckung von Medikamenten geworden, da die Kristallographie des Proteinziels nicht immer erreichbar ist und kryoEM ein alternatives Mittel zur Unterstützung des strukturbasierten Ligandendesigns bietet. Bei einer Vielzahl unterschiedlicher Projekte und innerhalb jedes Projekts mit einer potenziell großen Anzahl von Liganden-Protein-Kostrukturen wird die genaue Aufzeichnung schnell zu einer Herausforderung. Viele experimentelle Parameter werden für jedes Ziel optimiert, einschließlich in der Probenvorbereitungs-, Rastervorbereitungs- und Mikroskopiephase. Daher kann eine genaue Aufzeichnung von entscheidender Bedeutung sein, um eine langfristige Reproduzierbarkeit zu ermöglichen und eine effiziente Teamarbeit zu ermöglichen, insbesondere wenn Schritte des cryoEM-Workflows von verschiedenen Operatoren ausgeführt werden. Um diese Herausforderung zu bewältigen, haben wir ein webbasiertes Informationsmanagementsystem für kryoEM entwickelt, das gP2S genannt wird.

Die Anwendung verfolgt jedes Experiment, von der Probe bis zum endgültigen atomaren Modell, im Kontext von Projekten, deren Liste in der Anwendung oder extern in einem separaten System verwaltet wird. Benutzerdefinierte kontrollierte Vokabeln von Verbrauchsmaterialien, Geräten, Protokollen und Software helfen dabei, jeden Schritt des kryoEM-Workflows strukturiert zu beschreiben. gP2S ist weithin konfigurierbar und kann je nach den Bedürfnissen des Teams als eigenständiges Produkt oder Als Teil eines breiteren Ökosystems wissenschaftlicher Anwendungen existieren, die über REST-APIs mit Projektmanagement-Tools, Anwendungen, die die Produktion von Proteinen oder kleinen Molekülligaden verfolgen, oder Anwendungen, die die Datenerfassung und -speicherung automatisieren, integriert werden. Benutzer können Details zu jedem Raster und jeder Mikroskopiesitzung registrieren, einschließlich wichtiger experimenteller Metadaten und Parameterwerte, und die Abstammung jedes experimentellen Artefakts (Beispiel, Raster, Mikroskopiesitzung, Karte usw.) wird aufgezeichnet. gP2S dient als cryoEM experimenteller Workflow-Organizer, der eine genaue Aufzeichnung für Teams ermöglicht und unter einer Open-Source-Lizenz verfügbar ist.