gP2S, et informasjonsstyringssystem for CryoEM-eksperimenter

Kryogene elektronmikroskopi (cryoEM) har blitt en integrert del av mange narkotikaoppdagelsesprosjekter fordi krystallografi av proteinmålet ikke alltid er oppnåelig, og kryoEM gir et alternativt middel for å støtte strukturbasert liganddesign. Når du arbeider med et stort antall forskjellige prosjekter, og i hvert prosjekt et potensielt stort antall ligandprotein-kostrukturer, blir nøyaktig journalføring raskt utfordrende. Mange eksperimentelle parametere er justert for hvert mål, inkludert ved prøvepreparering, rutenettforberedelse og mikroskopistadier. Derfor kan nøyaktig journalføring være avgjørende for å muliggjøre langsiktig reproduserbarhet, og for å lette effektivt teamarbeid, spesielt når trinn i cryoEM-arbeidsflyten utføres av forskjellige operatører. For å hjelpe til med å håndtere denne utfordringen utviklet vi et nettbasert informasjonsstyringssystem for cryoEM, kalt gP2S.

Applikasjonen holder oversikt over hvert eksperiment, fra prøve til endelig atommodell, i sammenheng med prosjekter, en liste som vedlikeholdes i applikasjonen, eller eksternt i et eget system. Brukerdefinerte kontrollerte ordforråd av forbruksvarer, utstyr, protokoller og programvare bidrar til å beskrive hvert trinn i cryoEM-arbeidsflyten på en strukturert måte. gP2S er mye konfigurerbar og, avhengig av teamets behov, kan eksistere som et frittstående produkt eller være en del av et bredere økosystem av vitenskapelige applikasjoner, integrere via REST API-er med prosjektstyringsverktøy, applikasjoner som sporer produksjon av proteiner eller små molekyler ligander, eller applikasjoner som automatiserer datainnsamling og lagring. Brukere kan registrere detaljer om hvert rutenett og mikroskopiøkt, inkludert viktige eksperimentelle metadata og parameterverdier, og slektslinjen til hver eksperimentelle artefakt (prøve, rutenett, mikroskopiøkt, kart, etc.) registreres. gP2S fungerer som en kryoEM eksperimentell arbeidsflytarrangør som muliggjør nøyaktig registrering for team, og er tilgjengelig under en åpen kildekode-lisens.