gP2S, система управления информацией для cryoEM экспериментов

Криогенная электронная микроскопия (криоЭМ) стала неотъемлемой частью многих проектов по открытию лекарственных средств, поскольку кристаллография белковой цели не всегда достижима, а криоЭМ является альтернативным средством поддержки конструкции лиганда на основе структуры. При работе с большим количеством различных проектов, и в рамках каждого проекта потенциально большое количество лиганд-белковых со-структур, точное ведение записей быстро становится сложной задачей. Для каждой цели настроено множество экспериментальных параметров, в том числе на стадии подготовки образца, подготовки сетки и микроскопии. Таким образом, точное ведение записей может иметь решающее значение для обеспечения долгосрочной воспроизводимости и содействия эффективной командной работе, особенно когда этапы криоэм-процесса выполняются различными операторами. Чтобы помочь справиться с этой проблемой, мы разработали веб-систему управления информацией для криоЭМ, называемую gP2S.

Приложение отслеживает каждый эксперимент, от образца до окончательной атомной модели, в контексте проектов, список которых поддерживается в приложении, или внешне в отдельной системе. Определяемые пользователем словари расходных материалов, оборудования, протоколов и программного обеспечения помогают описать каждый шаг криоэм-рабочего процесса структурированным образом. gP2S широко настраивается и, в зависимости от потребностей команды, может существовать как самостоятельный продукт или быть частью более широкой экосистемы научных приложений, интегрируя через API REST с инструментами управления проектами, приложениями, отслеживающие производство белков или небольших лигандов молекул, или приложениями, автоматизующих сбор и хранение данных. Пользователи могут регистрировать детали каждой сессии сетки и микроскопии, включая ключевые экспериментальные метаданные и значения параметров, и линия каждого экспериментального артефакта (образец, сетка, сеанс микроскопии, карта и т.д.) записывается. gP2S служит организатором экспериментального рабочего процесса cryoEM, который обеспечивает точное ведение записей для групп и доступен под лицензией с открытым исходным кодом.