Høst og opdeling: Et overset trin i forskning i biofilmmetoder

Biofilmmetoder består af fire forskellige trin: dyrkning af biofilmen i en relevant model, behandling af den modne biofilm, høst af biofilmen fra overfladen og opdeling af klumperne og analyse af prøven. Af de fire trin er høst og opdeling de mindst undersøgte, men ikke desto mindre kritiske, når man overvejer potentialet for testbias. Denne artikel viser almindeligt anvendte høst- og opdelingsteknikker til biofilm dyrket på tre forskellige overflader. De tre biofilm høst og opdeling teknikker, hentet fra en omfattende litteratur gennemgang, omfatter hvirvel og sonikering, skrabning og homogenisering, og skrabning, hvirvel og sonikering. To overfladetyper overvejes: hårdt ikke-porøst (polycarbonat og borosilikatglas) og porøst (silikone). Derudover giver vi anbefalinger til de minimumsoplysninger, der skal medtages, når den anvendte høstteknik rapporteres, og en ledsagende metode til at kontrollere for bias.