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Chemistry

डायमंड लाइट सोर्स में XChem सुविधा में कुशल टुकड़ा स्क्रीनिंग प्राप्त करना

Published: May 29th, 2021

DOI:

10.3791/62414

1Diamond Light Source Ltd, Harwell Science and Innovation Campus, 2Research Complex at Harwell, Harwell Science and Innovation Campus, 3Structural Genomics Consortium, University of Oxford, 4Centre for Medicines Discovery, University of Oxford, 5Oxford Protein Informatics Group, Department of Statistics, Oxford University, 6Department of Biochemistry, University of Johannesburg
* These authors contributed equally

टुकड़ा-आधारित दवा की खोज में, ~ 300 दा से छोटे सैकड़ों या अक्सर हजारों यौगिकों को रासायनिक संस्थाओं की पहचान करने के लिए ब्याज के प्रोटीन के खिलाफ परीक्षण किया जाता है जिन्हें शक्तिशाली दवा उम्मीदवारों में विकसित किया जा सकता है। चूंकि यौगिक छोटे होते हैं, बातचीत कमजोर होती है, और स्क्रीनिंग विधि इसलिए अत्यधिक संवेदनशील होनी चाहिए; इसके अलावा, संरचनात्मक जानकारी इन हिट को सीसा जैसे यौगिकों में विस्तृत करने के लिए महत्वपूर्ण होती है। इसलिए, प्रोटीन क्रिस्टलोग्राफी हमेशा एक स्वर्ण-मानक तकनीक रही है, फिर भी प्राथमिक स्क्रीन के रूप में व्यापक उपयोग खोजने के लिए ऐतिहासिक रूप से बहुत चुनौतीपूर्ण है।

प्रारंभिक XChem प्रयोगों में प्रदर्शन किया गया 2014 और फिर प्रक्रिया को मान्य करने के लिए अकादमिक और औद्योगिक सहयोगियों के साथ परीक्षण किया. तब से, एक बड़े शोध प्रयास और महत्वपूर्ण बीमटाइम ने नमूना तैयार करने को सुव्यवस्थित किया है, तेजी से अनुवर्ती संभावनाओं के साथ एक टुकड़ा पुस्तकालय विकसित किया है, स्वचालित और अप्राप्य डेटा संग्रह के लिए I04-1 बीमलाइन की क्षमता में सुधार किया है, और डेटा प्रबंधन, विश्लेषण और हिट पहचान के लिए नए उपकरण लागू किए हैं।

XChem अब बड़े पैमाने पर क्रिस्टलोग्राफिक टुकड़ा स्क्रीनिंग के लिए एक सुविधा है, जो पूरे क्रिस्टल-टू-डिपोजिशन प्रक्रिया का समर्थन करता है, और दुनिया भर में अकादमिक और औद्योगिक उपयोगकर्ताओं के लिए सुलभ है। सहकर्मी-समीक्षा किए गए अकादमिक उपयोगकर्ता कार्यक्रम को 2016 के बाद से सक्रिय रूप से विकसित किया गया है, ताकि परियोजनाओं को यथासंभव व्यापक वैज्ञानिक दायरे से समायोजित किया जा सके, जिसमें अच्छी तरह से मान्य और साथ ही खोजपूर्ण परियोजनाएं शामिल हैं। सहकर्मी-समीक्षा प्रस्तावों के लिए द्विवार्षिक कॉल के माध्यम से अकादमिक पहुंच आवंटित की जाती है, और डायमंड के औद्योगिक संपर्क समूह द्वारा मालिकाना काम की व्यवस्था की जाती है। यह वर्कफ़्लो पहले से ही विविध चिकित्सीय क्षेत्रों से सौ से अधिक लक्ष्यों पर नियमित रूप से लागू किया गया है, और प्रभावी रूप से कमजोर बाइंडरों (1% -30% हिट दर) की पहचान करता है, जो दोनों यौगिक डिजाइन के लिए उच्च गुणवत्ता वाले शुरुआती बिंदुओं के रूप में काम करते हैं और बाध्यकारी साइटों पर व्यापक संरचनात्मक जानकारी प्रदान करते हैं। COVID-2 महामारी के दौरान SARS-CoV-19 लक्ष्यों की निरंतर स्क्रीनिंग द्वारा प्रक्रिया के लचीलेपन का प्रदर्शन किया गया था, जिसमें मुख्य प्रोटीज के लिए 3 सप्ताह का टर्न-अराउंड भी शामिल था।

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