Genomweite Analyse der Histonmodifikationsverteilung mit der Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierungsmethode in Magnaporthe Oryzae

Die Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq) ist eine leistungsstarke und weit verbreitete molekulare Technik zur Kartierung ganzer Genomstandorte von Transkriptionsfaktoren (TFs), Chromatinregulatoren und Histonmodifikationen sowie zum Nachweis ganzer Genome zur Aufdeckung von TF-Bindungsmustern und histon-posttranslationalen Modifikationen. Chromatinmodifizierende Aktivitäten, wie die Histonmethylierung, werden oft für bestimmte genregulatorische Sequenzen rekrutiert, was zu lokalisierten Veränderungen in Chromatinstrukturen führt und zu spezifischen transkriptionellen Effekten führt. Die Reisexplosion ist eine verheerende Pilzkrankheit auf Reis auf der ganzen Welt und ist ein Modellsystem zur Untersuchung der Pilz-Pflanzen-Interaktion. Die molekularen Mechanismen, wie die Histonmodifikationen ihre Virulenzgene in Magnaporthe Oryzae regulieren, bleiben jedoch schwer fassbar. Mehr Forscher müssen ChIP-seq verwenden, um zu untersuchen, wie histone epigenetische Modifikationen ihre Zielgene regulieren. ChIP-seq wird auch häufig verwendet, um die Wechselwirkung zwischen Protein und DNA in Tieren und Pflanzen zu untersuchen, aber es wird weniger im Bereich der Pflanzenpathologie verwendet und ist nicht gut entwickelt. In diesem Artikel beschreiben wir den experimentellen Prozess und die Funktionsweise von ChIP-seq, um die genomweite Verteilung der Histonmethylierung (wie H3K4me3) zu identifizieren, die an die funktionellen Zielgene in M. oryzae bindet. Hier stellen wir ein Protokoll zur Analyse der genomweiten Verteilung von Histonmodifikationen vor, das neue Zielgene in der Pathogenese von M. oryzae und anderen filamentösen Pilzen identifizieren kann.