Magnaporthe oryzae'de Kromatin İmmün Önkapipitasyon Dizileme Yöntemi Kullanılarak Histone Modifikasyonlarının Genom Çapında Analizi

Kromatin immünorektasyon dizilimi (ChIP-seq), transkripsiyon faktörlerinin (TF'ler), kromatin düzenleyicilerinin ve histone modifikasyonlarının tüm genom konumlarını haritalamak ve TF bağlama kalıplarını ve histone posttranslational modifikasyonlarını ortaya çıkarmak için tüm genomları tespit etmek için güçlü ve yaygın olarak kullanılan bir moleküler tekniktir. Histone metilasyonu gibi kromatin değiştirme faaliyetleri genellikle belirli gen düzenleyici dizilere alınarak kromatin yapılarında lokalize değişikliklere neden olmakta ve belirli transkripsiyon etkilerine neden olmaktadır. Pirinç patlaması, dünya çapında pirinç üzerinde yıkıcı bir mantar hastalığıdır ve mantar bitki etkileşimini incelemek için örnek bir sistemdir. Bununla birlikte, histone modifikasyonlarının Magnaporthe oryzae'deki virülans genlerini nasıl düzenlediğine dair moleküler mekanizmalar zor kalır. Daha fazla araştırmacı, histone epigenetik modifikasyonun hedef genlerini nasıl düzenlediğini incelemek için ChIP-seq'i kullanmaktadır. ChIP-seq, hayvanlarda ve bitkilerde protein ve DNA arasındaki etkileşimi incelemek için de yaygın olarak kullanılır, ancak bitki patolojisi alanında daha az kullanılır ve iyi gelişmemiştir. Bu yazıda, M. oryzae'deki fonksiyonel hedef genlere bağlanan histone metilasyonunun (H3K4me3 gibi) genom çapındaki dağılımını tanımlamak için ChIP-seq'in deneysel sürecini ve çalışma yöntemini açıklıyoruz. Burada, M. oryzae ve diğer filamentli mantarların patogenezinde yeni hedef genleri tanımlayabilen histone modifikasyonlarının genom çapındaki dağılımını analiz etmek için bir protokol sunuyoruz.