mirMachine: Универсальный магазин для аннотации miRNA растений

Из различных типов некодирующих РНК микроРНК (миРНК), возможно, были в центре внимания в течение последнего десятилетия. Как посттранскрипционные регуляторы экспрессии генов, миРНК играют ключевую роль в различных клеточных путях, включая как развитие, так и реакцию на а/биотический стресс, такой как засуха и болезни. Наличие высококачественных эталонных последовательностей генома позволило идентифицировать и аннотировать миРНК у нескольких видов растений, где последовательности миРНК сильно сохраняются. Поскольку вычислительная идентификация миРНК и процессы аннотации в основном подвержены ошибкам, прогнозы на основе гомологии повышают точность прогнозирования. За последнее десятилетие мы разработали и улучшили конвейер аннотаций miRNA, SUmir, который с тех пор использовался для нескольких геномов растений.

В этом исследовании представлен полностью автоматизированный новый конвейер миРНК, mirMachine (miRNA Machine), путем (i) добавления дополнительного этапа фильтрации для предсказаний вторичной структуры, (ii) обеспечения его полной автоматизации и (iii) введения новых вариантов прогнозирования либо известной миРНК на основе гомологии, либо новых миРНК на основе чтения секвенирования малых РНК с использованием предыдущего конвейера. Новый трубопровод miRNA, mirMachine, был протестирован с использованием информационного ресурса Arabidopsis, TAIR10, выпуска генома Arabidopsis и Эталонного генома пшеницы Международного консорциума по секвенированию генома пшеницы (IWGSC) v2.