mirMachine: Tesis miRNA Ek Açıklaması için Tek Noktadan Çalışan Bir Dükkan

Farklı tipte kodlamayan RNA'lardan, mikroRNA'lar (miRNA'lar) son on yılda tartışmasız bir şekilde spot ışığında olmuştur. Gen ekspresyonunun transkripsiyon sonrası düzenleyicileri olarak, miRNA'lar, kuraklık ve hastalıklar gibi a / biyotik strese hem gelişim hem de yanıt dahil olmak üzere çeşitli hücresel yollarda kilit roller oynamaktadır. Yüksek kaliteli referans genom dizilerine sahip olmak, miRNA dizilerinin yüksek oranda korunduğu çeşitli bitki türlerinde miRNA'ların tanımlanmasını ve ek açıklamasını mümkün kılmıştır. Hesaplamalı miRNA tanımlama ve ek açıklama süreçleri çoğunlukla hataya eğilimli süreçler olduğundan, homoloji tabanlı tahminler tahmin doğruluğunu arttırır. Son on yılda, o zamandan beri çeşitli bitki genomları için kullanılan miRNA ek açıklama boru hattı SUmir'i geliştirdik ve geliştirdik.

Bu çalışma, (i) ikincil yapı tahminlerine ek bir filtreleme adımı ekleyerek, (ii) tamamen otomatik hale getirerek ve (iii) homolojiye dayalı bilinen miRNA'yı veya önceki boru hattını kullanarak küçük RNA dizileme okumalarına dayanan yeni miRNA'ları tahmin etmek için yeni seçenekler sunarak tam otomatik, yeni bir miRNA boru hattı olan mirMachine (miRNA Makinesi) sunmaktadır. Yeni miRNA boru hattı mirMachine, Arabidopsis Bilgi Kaynağı, TAIR10, Arabidopsis genomunun salınması ve Uluslararası Buğday Genomu Dizileme Konsorsiyumu (IWGSC) buğday referans genomu v2 kullanılarak test edildi.