Praktiske aspekter af prøveforberedelse og opsætning af ¹H R_1ρ Afslapningsspredningseksperimenter af RNA

RNA er et meget fleksibelt biomolekyle, hvor ændringer i strukturer spiller afgørende roller i de funktioner, som RNA-molekyler udfører som cellulære budbringere og modulatorer. Mens disse dynamiske tilstande forbliver skjult for de fleste strukturelle metoder, R_1ρ afslapning spredning (RD) spektroskopi gør det muligt at studere kropsbygning dynamik i mikro-til millisekund regime på atomare opløsning. Brugen af ¹H som den observerede kerne udvider yderligere den dækkede tidsordning og giver direkte adgang til brintbindinger og baseparring.

De udfordrende trin i en sådan undersøgelse er prøveforberedelse med høj renhed og højtydende prøve, potentielt ¹³C- og ¹⁵N-mærket, samt opsætning af eksperimenter og montering af data til udvinding af befolkning, valutakurs og sekundær struktur i den tidligere usynlige tilstand. Denne protokol giver afgørende praktiske trin i prøveforberedelsen for at sikre, at der udarbejdes en passende RNA-prøve og opsætning af ¹H R_1ρ-forsøg med både isotopisk mærkede og ikke-mærkede RNA-prøver.