Fange aktivt produserte mikrobielle flyktige organiske forbindelser fra human-assosierte prøver med vakuumassistert sorbentutvinning

Flyktige organiske forbindelser (VOC) fra biologiske prøver har ukjent opprinnelse. VOCer kan stamme fra verten eller forskjellige organismer fra vertens mikrobielle samfunn. For å disentangle opprinnelsen til mikrobielle VOCer, ble det utført flyktige hoderomsanalyser av bakterielle mono- og samkulturer av Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa og Acinetobacter baumannii, og stabil isotopprobing i biologiske prøver av avføring, spytt, kloakk og sputum. Mono- og samkulturer ble brukt til å identifisere flyktig produksjon fra individuelle bakteriearter eller i kombinasjon med stabil isotopprobing for å identifisere den aktive metabolismen av mikrober fra de biologiske prøvene.

Vakuumassistert sorbentutvinning (VASE) ble brukt til å trekke ut VOC-ene. VASE er en brukervennlig, kommersialisert, løsningsmiddelfri headspace ekstraksjonsmetode for semi-flyktige og flyktige forbindelser. Mangelen på løsemidler og de nesten vakuumforholdene som brukes under ekstraksjon, gjør utviklingen av en metode relativt enkel og rask sammenlignet med andre ekstraksjonsalternativer som tert-butylering og solid fasemikroekstraksjon. Arbeidsflyten som beskrives her, ble brukt til å identifisere spesifikke flyktige signaturer fra mono- og samkulturer. Videre identifiserte analyse av den stabile isotop-probingen av humane assosierte biologiske prøver VOC-er som enten ble ofte eller unikt produsert. Denne artikkelen presenterer de generelle arbeidsflyt- og eksperimentelle hensynene til VASE i forbindelse med stabil isotopprobing av levende mikrobielle kulturer.