Optiske pinsett for å studere RNA-proteininteraksjoner i oversettelsesregulering

RNA vedtar forskjellige strukturelle folder, som er avgjørende for sine funksjoner og dermed kan påvirke ulike prosesser i cellen. I tillegg kan strukturen og funksjonen til en RNA moduleres av ulike transvirkende faktorer, for eksempel proteiner, metabolitter eller andre RNAer. Frameshifting RNA molekyler, for eksempel, er regulatoriske RNAer plassert i koding regioner, som direkte oversette ribosomer til en alternativ åpen leseramme, og dermed fungere som genbrytere. De kan også vedta forskjellige folder etter binding til proteiner eller andre transfaktorer. For å dissekere rollen som RNA-bindende proteiner i oversettelse og hvordan de modulerer RNA-struktur og stabilitet, er det avgjørende å studere samspillet og mekaniske egenskapene til disse RNA-proteinkompleksene samtidig. Dette arbeidet illustrerer hvordan man bruker enkeltmolekyl-fluorescens-koblede optiske pinsett for å utforske konformasjons- og termodynamisk landskap av RNA-proteinkomplekser med høy oppløsning. Som et eksempel utarbeides samspillet mellom SARS-CoV-2 programmert ribosomal frameshifting element med transvirkende faktor kort isoform av sinkfinger antiviralt protein. I tillegg ble fluorescensmerkede ribosomer overvåket ved hjelp av den konfekale enheten, noe som til slutt ville muliggjøre studiet av oversettelsesforlengelse. Fluorescens koblet OT-analyse kan brukes mye for å utforske forskjellige RNA-proteinkomplekser eller transvirkende faktorer som regulerer oversettelsen og kan lette studier av RNA-basert genregulering.