Préparation d’échantillons à l’analyse bioinformatique de la méthylation de l’ADN: stratégie d’association pour l’obésité et les études sur les traits connexes

L’obésité est directement liée au mode de vie et a été associée à des changements de méthylation de l’ADN qui peuvent entraîner des altérations de l’adipogenèse et des processus de stockage des lipides contribuant au développement de la maladie. Nous démontrons un protocole complet allant de la sélection à l’analyse des données épigénétiques des patients avec et sans obésité. Toutes les étapes du protocole ont été testées et validées dans le cadre d’une étude pilote. 32 femmes ont participé à l’étude, dans laquelle 15 personnes ont été classées avec obésité selon l’indice de masse corporelle (IMC) (45,1 ± 5,4 kg / ^m2); et 17 personnes ont été classées sans obésité selon l’IMC (22,6 ± 1,8 kg/^m2). Dans le groupe obèse, 564 sites CpG liés à la masse grasse ont été identifiés par une analyse de régression linéaire. Les sites cpg se trouvaient dans les régions promotrices. L’analyse différentielle a révélé 470 CpG hypométhylés et 94 sites hyperméthylés chez les personnes obèses. Les voies enrichies les plus hypométhylées étaient dans le RUNX, la signalisation WNT et la réponse à l’hypoxie. Les voies hyperméthylées étaient liées à la sécrétion d’insuline, à la signalisation du glucagon et au ^Ca2+. Nous concluons que le protocole a efficacement identifié les modèles de méthylation de l’ADN et la méthylation de l’ADN liée aux traits. Ces modèles pourraient être associés à une altération de l’expression des gènes, affectant l’adipogenèse et le stockage des lipides. Nos résultats ont confirmé qu’un mode de vie obésogène pourrait favoriser des changements épigénétiques dans l’ADN humain.