Polysomprofilering uten gradientopprettere eller fraksjoneringssystemer

Polysomfraksjonering ved sukrosetetthetsgradient sentrifugering er et kraftig verktøy som kan brukes til å lage ribosomprofiler, identifisere spesifikke mRNA som oversettes av ribosomer, og analysere polysomassosierte faktorer. Mens automatiserte gradientprodusenter og gradientfraksjoneringssystemer ofte brukes med denne teknikken, er disse systemene generelt dyre og kan være kostnadsoverkommelige for laboratorier som har begrensede ressurser eller ikke kan rettferdiggjøre utgiftene på grunn av deres sjeldne eller sporadiske behov for å utføre denne metoden for deres forskning. Her presenteres en protokoll for å reprodusere polysomprofiler ved hjelp av standardutstyr som er tilgjengelig i de fleste molekylærbiologiske laboratorier uten spesialiserte fraksjoneringsinstrumenter. Videre er det gitt en sammenligning av polysomprofiler generert med og uten et gradientfraksjoneringssystem. Strategier for å optimalisere og produsere reproduserbare polysomprofiler diskuteres. Saccharomyces cerevisiae brukes som en modellorganisme i denne protokollen. Imidlertid kan denne protokollen enkelt modifiseres og tilpasses for å generere ribosomprofiler for mange forskjellige organismer og celletyper.