Extracción del cofactor _F420 para el análisis de la longitud de la cola de poliglutamato a partir de cultivos puros metanogénicos y muestras ambientales

El cofactor _F420 juega un papel central como portador de hidruro en el metabolismo primario y secundario de muchos taxones bacterianos y arqueales. El cofactor es mejor conocido por su papel en la metanogénesis, donde facilita reacciones termodinámicamente difíciles. Como la cola de poliglutamato varía en longitud entre diferentes organismos, los análisis de perfil de longitud podrían ser una herramienta poderosa para distinguir y caracterizar diferentes grupos y vías en varios hábitats. Aquí, el protocolo describe la extracción y optimización de la detección del cofactor _F420 mediante la aplicación de la extracción en fase sólida combinada con el análisis de cromatografía líquida de alto rendimiento independiente de los enfoques biológicos culturales o moleculares. El método se aplicó para obtener información adicional sobre la expresión del cofactor _F420 de las comunidades microbianas en suelos, lodos anaeróbicos y cultivos puros y se evaluó mediante experimentos de aumento. De este modo, el estudio logró generar diferentes perfiles de longitud de cola _F420 para metanógenos hidrogenotróficos y acetoclásticos en cultivos puros metanogénicos controlados, así como a partir de muestras ambientales como lodos de digestor anaeróbico y suelos.