Inherent Dynamics Visualizer, en interaktiv applikation för utvärdering och visualisering av utgångar från en pipeline för genreglerande nätverk

Att utveckla genreglerande nätverksmodeller är en stor utmaning inom systembiologi. Flera beräkningsverktyg och pipelines har utvecklats för att hantera denna utmaning, inklusive den nyutvecklade Inherent Dynamics Pipeline. Inherent Dynamics Pipeline består av flera tidigare publicerade verktyg som fungerar synergistiskt och är anslutna linjärt, där utgången av ett verktyg sedan används som indata för följande verktyg. Som med de flesta beräkningstekniker kräver varje steg i Inherent Dynamics Pipeline att användaren gör val om parametrar som inte har en exakt biologisk definition. Dessa val kan ha en betydande inverkan på genregleringsnätverksmodeller som produceras av analysen. Av denna anledning kan förmågan att visualisera och utforska konsekvenserna av olika parameterval i varje steg bidra till att öka förtroendet för valen och resultaten. Inherent Dynamics Visualizer är ett omfattande visualiseringspaket som effektiviserar processen att utvärdera parameterval genom ett interaktivt gränssnitt i en webbläsare. Användaren kan separat undersöka utdata för varje steg i pipelinen, göra intuitiva ändringar baserat på visuell information och dra nytta av automatisk produktion av nödvändiga indatafiler för Inherent Dynamics Pipeline. Inherent Dynamics Visualizer ger en oöverträffad nivå av tillgång till ett mycket invecklat verktyg för upptäckt av genreglerande nätverk från tidsserie transkriptomiska data.