עמודי כרומטוגרפיה של זיקה לממברנת התא לזיהוי מטבוליטים מיוחדים של צמחים המקיימים אינטראקציה עם קולטן Tropomyosin Kinase משותק B

כימיקלים המסונתזים על ידי צמחים, פטריות, חיידקים וחסרי חוליות ימיים היו מקור עשיר לפגיעות ומובילות של תרופות חדשות. תרופות כגון סטטינים, פניצילין, פקליטקסל, רפמיצין או ארטמיסינין, המשמשים בדרך כלל בפרקטיקה הרפואית, זוהו לראשונה ובודדו ממוצרים טבעיים. עם זאת, זיהוי ובידוד של מטבוליטים מיוחדים פעילים ביולוגית ממקורות טבעיים הוא תהליך מאתגר וגוזל זמן. באופן מסורתי, מטבוליטים בודדים מבודדים ומטוהרים מתערובות מורכבות, בעקבות מיצוי הביומסה. לאחר מכן, המולקולות המבודדות נבדקות במבחנים פונקציונליים כדי לאמת את פעילותן הביולוגית. כאן אנו מציגים את השימוש בעמודות כרומטוגרפיית זיקה של קרום התא (CMAC) לזיהוי תרכובות פעילות ביולוגית ישירות מתערובות מורכבות. עמודות CMAC מאפשרות זיהוי של תרכובות המקיימות אינטראקציה עם חלבוני טרנס-ממברנה פונקציונליים משותקים (TMPs) המוטבעים בסביבה הדו-שכבתית הפוספוליפידית המקורית שלהם. זוהי גישה ממוקדת, הדורשת הכרת ה-TMP שאת פעילותו מתכוונים לווסת עם המועמד החדש שזוהה לתרופה עם המולקולה הקטנה שזוהתה. בפרוטוקול זה, אנו מציגים גישה להכנת עמודות CMAC עם קולטן tropomyosin קינאז משותק B (TrkB), אשר התגלה כמטרה בת קיימא לגילוי תרופות עבור הפרעות רבות במערכת העצבים. במאמר זה, אנו מספקים פרוטוקול מפורט להרכבת עמודת CMAC עם קולטני TrkB משותקים באמצעות קווי תאי נוירובלסטומה המבטאים יתר על המידה קולטני TrkB. כמו כן, אנו מציגים את הגישה לחקור את הפונקציונליות של העמודה ואת השימוש בה בזיהוי מטבוליטים צמחיים מיוחדים המקיימים אינטראקציה עם קולטני TrkB.