使用分子可视化免费软件对酶活性位点进行建模

生物分子可视化技能对于理解生物科学中的关键概念至关重要，例如结构 - 功能关系和分子相互作用。各种程序允许学习者操纵3D结构，生物分子建模促进主动学习，建立计算技能，并弥合二维教科书图像和生活三维之间的差距。该领域的一项关键技能是模拟蛋白质活性位点，以显示结合相互作用的方式显示大分子中可与小分子或配体相互作用的部分。在这个协议中，我们使用四个免费提供的大分子建模程序来描述这个过程：iCn3D，Jmol/ JSmol，PyMOL和UCSF ChimeraX。本指南面向寻求学习特定课程基础知识的学生，以及将生物分子建模纳入其课程的教师。该协议使用户能够使用特定的可视化程序对活动站点进行建模，或者对几个可用的免费程序进行采样。为该协议选择的模型是人葡萄糖激酶，这是己糖激酶的一种同种型，可催化糖酵解的第一步。该酶与其底物之一以及非反应性底物类似物结合，允许用户分析催化复合物中的相互作用。