आणविक दृश्य फ्रीवेयर का उपयोग करके एंजाइम सक्रिय साइट का मॉडलिंग करना

जैव अणुवृक्ष दृश्य कौशल जैविक विज्ञान में प्रमुख अवधारणाओं को समझने के लिए सर्वोपरि हैं, जैसे संरचना-कार्य संबंध और आणविक बातचीत। विभिन्न कार्यक्रम एक शिक्षार्थी को 3 डी संरचनाओं में हेरफेर करने की अनुमति देते हैं, और बायोमॉलिक्यूलर मॉडलिंग सक्रिय सीखने को बढ़ावा देती है, कम्प्यूटेशनल कौशल बनाता है, और दो आयामी पाठ्यपुस्तक छवियों और जीवन के तीन आयामों के बीच के अंतर को पुल करता है। इस क्षेत्र में एक महत्वपूर्ण कौशल एक प्रोटीन सक्रिय साइट को मॉडल करना है, जो मैक्रोमॉल्यूल के कुछ हिस्सों को प्रदर्शित करता है जो एक छोटे अणु या लिगामेंट के साथ बातचीत कर सकता है, जो बाध्यकारी बातचीत दिखाता है। इस प्रोटोकॉल में, हम चार स्वतंत्र रूप से उपलब्ध मैक्रोमोलिकुलर मॉडलिंग कार्यक्रमों का उपयोग करके इस प्रक्रिया का वर्णन करते हैं: iCn3D, Jmol/JSmol, PyMOL, और UCSF ChimeraX । इस गाइड के लिए एक विशिष्ट कार्यक्रम की मूल बातें जानने की मांग छात्रों के लिए है, साथ ही प्रशिक्षकों अपने पाठ्यक्रम में जैव आणविक मॉडलिंग को शामिल । प्रोटोकॉल उपयोगकर्ता को एक विशिष्ट दृश्य कार्यक्रम का उपयोग करके एक सक्रिय साइट को मॉडल करने में सक्षम बनाता है, या उपलब्ध कई मुफ्त कार्यक्रमों का नमूना लेने में सक्षम बनाता है। इस प्रोटोकॉल के लिए चुना गया मॉडल मानव ग्लूकोकिनेज़ है, जो एंजाइम हेक्सोकिनेस का एक आइसोफॉर्म है, जो ग्लायकोलिसिस के पहले चरण को उत्प्रेरित करता है। एंजाइम अपने सब्सट्रेट्स में से एक के साथ-साथ एक अट्रैक्टिव सब्सट्रेट एनालॉग से बंधा है, जो यूजर को उत्प्रेरक कॉम्प्लेक्स में इंटरैक्शन का विश्लेषण करने की अनुमति देता है ।