分子可視化フリーウェアを用いた酵素活性部位のモデリング

生体分子可視化技術は、構造機能関係や分子相互作用など、生物科学の主要な概念を理解する上で最も重要です。様々なプログラムにより、学習者は3D構造を操作することができ、生体分子モデリングはアクティブな学習を促進し、計算能力を構築し、2次元の教科書画像と生命の3次元の間のギャップを埋めます。この分野の重要なスキルは、タンパク質活性部位をモデル化し、結合相互作用を示す方法で、小分子、またはリガンドと相互作用できる高分子の部分を表示することです。このプロトコルでは、このプロセスを、iCn3D、Jmol/JSmol、PyMOL、UCSF ChimeraXの4つの自由に利用できる高分子モデリングプログラムを用いて記述します。このガイドは、特定のプログラムの基礎を学ぶ学生と、カリキュラムに生体分子モデリングを組み込んだ講師を対象としています。このプロトコルを使用すると、ユーザーは特定の視覚化プログラムを使用してアクティブなサイトをモデル化したり、利用可能なフリープログラムのいくつかをサンプリングしたりできます。このプロトコルで選ばれたモデルは、解糖の第一段階を触媒する酵素ヘキソキナーゼのアイソフォームであるヒトグルコキナーゼです。酵素は、その基質の1つと非反応性基質アナログに結合し、触媒複合体における相互作用を分析することを可能にする。