분자 시각화 프리웨어를 사용하여 효소 활성 사이트 모델링

생물 분자 시각화 기술은 구조 기능 관계 및 분자 상호 작용과 같은 생물 과학의 주요 개념을 이해하는 데 가장 중요합니다. 다양한 프로그램을 통해 학습자가 3D 구조를 조작할 수 있으며, 생체 분자 모델링은 적극적인 학습을 촉진하고, 계산 기술을 구축하고, 2차원 교과서 이미지와 삶의 3차원 사이의 격차를 해소합니다. 이 분야에서 중요한 기술은 단백질 활성 부위를 모델링하여 결합 상호 작용을 보여주는 방식으로 작은 분자 또는 리간드와 상호 작용할 수 있는 거대 분자의 일부를 표시하는 것입니다. 이 프로토콜에서는 iCn3D, Jmol/JSmol, PyMOL 및 UCSF ChimeraX의 4가지 자유롭게 사용할 수 있는 매크로 분자 모델링 프로그램을 사용하여 이 프로세스를 설명합니다. 이 가이드는 특정 프로그램의 기초를 배우고자 하는 학생뿐만 아니라 생체 분자 모델링을 교과 과정에 통합하는 강사를 위한 것입니다. 이 프로토콜을 사용하면 사용자가 특정 시각화 프로그램을 사용하여 활성 사이트를 모델링하거나 사용 가능한 몇 가지 무료 프로그램을 샘플링할 수 있습니다. 이 프로토콜을 위해 선택된 모형은 글리코리시스의 첫번째 단계를 촉매하는 효소 헥소키나아제의 등등형인 인간 글루코키나제입니다. 효소는 기질 중 하나뿐만 아니라 비 반응성 기판 아날로그에 묶여 있어 사용자가 촉매 복합체에서 상호 작용을 분석할 수 있습니다.