Moleküler Görselleştirme Freeware Kullanarak Bir Enzim Aktif Sitesini Modelleme

Biyomoleküler görselleştirme becerileri, biyolojik bilimlerde yapı-işlev ilişkileri ve moleküler etkileşimler gibi temel kavramları anlamak için çok önemlidir. Çeşitli programlar bir öğrencinin 3B yapıları manipüle etmesine izin verir ve biyomoleküler modelleme aktif öğrenmeyi teşvik eder, hesaplama becerileri oluşturur ve iki boyutlu ders kitabı görüntüleri ile yaşamın üç boyutu arasındaki boşluğu kapatır. Bu alandaki kritik bir beceri, makromolekülün küçük bir molekülle veya ligand ile etkileşime girebilen kısımlarını bağlayıcı etkileşimleri gösterecek şekilde görüntüleyen bir protein aktif bölgesini modellemektir. Bu protokolde, serbestçe kullanılabilen dört makromoleküler modelleme programı kullanarak bu süreci açıklıyoruz: iCn3D, Jmol / JSmol, PyMOL ve UCSF ChimeraX. Bu kılavuz, belirli bir programın temellerini öğrenmek isteyen öğrencilerin yanı sıra biyomoleküler modellemeyi müfredatlarına dahil eden eğitmenler için tasarlanmıştır. Protokol, kullanıcının belirli bir görselleştirme programını kullanarak etkin bir siteyi modellemesini veya kullanılabilir ücretsiz programlardan birkaçını örneklemesine olanak tanır. Bu protokol için seçilen model, glikolizin ilk adımını katalizleyen heksakinez enziminin bir izoform olan insan glukozkinazdır. Enzim, alt tabakalarından birine ve kullanıcının katalitik kompleksteki etkileşimleri analiz etmesine izin veren reaktif olmayan bir substrat analoga bağlıdır.