دي نوفو تحديد إطارات القراءة المفتوحة المترجمة بنشاط باستخدام بيانات التنميط الريبوسومي

يعد تحديد إطارات القراءة المفتوحة (ORFs) ، وخاصة تلك التي تشفر الببتيدات الصغيرة ويتم ترجمتها بنشاط في سياقات فسيولوجية محددة ، أمرا بالغ الأهمية للتعليقات التوضيحية الشاملة للتراتيمات المعتمدة على السياق. يوفر التنميط الريبوسومي، وهو تقنية للكشف عن مواقع الارتباط وكثافات ترجمة الريبوسومات على الحمض النووي الريبوسومي، وسيلة لاكتشاف مكان حدوث الترجمة بسرعة على نطاق الجينوم الواسع. ومع ذلك ، فليست مهمة تافهة في المعلوماتية الحيوية تحديد ترجمة ORFs بكفاءة وشمولية لتنميط الريبوسوم. الموضح هنا هو حزمة سهلة الاستخدام ، تسمى RiboCode ، مصممة للبحث عن ترجمة نشطة ل ORFs من أي حجم من الإشارات المشوهة والغامضة في بيانات التنميط الريبوسومي. إذا أخذنا مجموعة البيانات المنشورة مسبقا كمثال، توفر هذه المقالة إرشادات خطوة بخطوة لخط أنابيب RiboCode بأكمله، بدءا من المعالجة المسبقة للبيانات الخام إلى تفسير ملفات نتائج الإخراج النهائي. وعلاوة على ذلك، ومن أجل تقييم معدلات ترجمة الموارد المفتوحة، يرد أيضا وصف مفصل لإجراءات تصور وتقدير كمي لكثافات الريبوسوم في كل إطار من أطر عمل الريبوسوم. باختصار ، هذه المقالة هي تعليمات مفيدة وفي الوقت المناسب لمجالات البحث المتعلقة بالترجمة ، و ORFs الصغيرة ، والببتيدات.