خلية مفردة قابلة لإعادة الاستخدام للتحليلات الجينومية التكرارية

تم تصميم تحليلات epigenome أحادية الخلية الحالية للاستخدام مرة واحدة. يتم التخلص من الخلية بعد استخدام واحد ، مما يمنع تحليل العلامات اللاجينية المتعددة في خلية واحدة ويتطلب بيانات من خلايا أخرى لتمييز الإشارة عن ضوضاء الخلفية التجريبية في خلية واحدة. تصف هذه الورقة طريقة لإعادة استخدام نفس الخلية المفردة للتحليلات فوق الجينية التكرارية.

في هذه الطريقة التجريبية ، يتم تثبيت البروتينات الخلوية أولا على بوليمر بولي أكريلاميد بدلا من ربطها بالبروتين والحمض النووي ، مما يخفف من التحيز الهيكلي. تسمح هذه الخطوة الحاسمة بإجراء تجارب متكررة مع نفس الخلية المفردة. بعد ذلك ، يتم تلدين التمهيدي العشوائي مع تسلسل سقالة لربط القرب إلى الحمض النووي الجينومي ، ويتم إضافة التسلسل الجينومي إلى التمهيدي بالامتداد باستخدام بوليميراز الحمض النووي. بعد ذلك ، يرتبط الجسم المضاد ضد علامة جينية وتحكم IgG ، كل منها يحمل تحقيقات مختلفة للحمض النووي ، بالأهداف المعنية في نفس الخلية الواحدة.

يتم تحفيز ربط القرب بين التمهيدي العشوائي والجسم المضاد عن طريق إضافة الحمض النووي الموصل مع تسلسلات تكميلية إلى تسلسل سقالة التمهيدي العشوائي ومسبار الحمض النووي للجسم المضاد. يدمج هذا النهج معلومات الأجسام المضادة وتسلسل الجينوم القريب في منتج DNA واحد لربط القرب. من خلال تمكين التجارب المتكررة مع نفس الخلية المفردة ، تسمح هذه الطريقة بزيادة كثافة البيانات من خلية نادرة والتحليل الإحصائي باستخدام بيانات IgG والأجسام المضادة فقط من نفس الخلية. يمكن تخزين الخلايا المفردة القابلة لإعادة الاستخدام المحضرة بهذه الطريقة لبضعة أشهر على الأقل وإعادة استخدامها لاحقا لتوسيع التوصيف اللاجيني وزيادة كثافة البيانات. توفر هذه الطريقة المرونة للباحثين ومشاريعهم.