Digital romlig profilering for karakterisering av mikromiljøet i voksen type diffust infiltrerende gliom

Diffust infiltrerende gliomer er forbundet med høy morbiditet og dødelighet på grunn av den infiltrative karakteren av tumorspredning. De er morfologisk komplekse svulster, med en høy grad av proteomisk variabilitet over både selve svulsten og dens heterogene mikromiljø. Det ondartede potensialet til disse svulstene forbedres av dysreguleringen av proteiner involvert i flere viktige veier, inkludert prosesser som opprettholder cellulær stabilitet og bevarer mikromiljøets strukturelle integritet. Selv om det har vært mange bulk- og encellede gliomanalyser, er det en relativ mangel på romlig stratifisering av disse proteomiske dataene. Å forstå forskjeller i romlig fordeling av tumorogene faktorer og immuncellepopulasjoner mellom den indre svulsten, invasiv kant og mikromiljø gir verdifull innsikt i mekanismene som ligger til grunn for tumorproliferasjon og forplantning. Digital romprofilering (DSP) representerer en kraftig teknologi som kan danne grunnlaget for disse viktige flerlagsanalysene.

DSP er en metode som effektivt kvantifiserer proteinuttrykk innenfor brukerspesifiserte romlige regioner i en vevsprøve. DSP er ideell for å studere differensialuttrykket av flere proteiner innenfor og på tvers av skilleregioner, noe som muliggjør flere nivåer av kvantitativ og kvalitativ analyse. DSP-protokollen er systematisk og brukervennlig, noe som muliggjør tilpasset romlig analyse av proteomiske data. I dette eksperimentet er vevsmikromatriser konstruert fra arkiverte glioblastomkjernebiopsier. Deretter velges et panel av antistoffer, rettet mot proteiner av interesse i prøven. Antistoffene, som er prekonjugert til UV-fotospaltbare DNA-oligonukleotider, inkuberes deretter med vevsprøven over natten. Under fluorescensmikroskopi visualisering av antistoffene, regioner av interesse (ROIs) innenfor hvilke å kvantifisere proteinuttrykk er definert med prøvene. UV-lys blir deretter rettet mot hver avkastning, og spalter DNA-oligonukleotidene. Oligonukleotidene mikroaspireres og telles innenfor hver avkastning, og kvantifiserer det tilsvarende proteinet på romlig basis.