טריפוספורילציה כימית של אוליגונוקלאוטידים

5′-triphosphate הוא שינוי חיוני בחומצת גרעין שנמצא לאורך כל החיים ומשמש יותר ויותר כשינוי פונקציונלי של אוליגונוקלאוטידים בביוטכנולוגיה ובביולוגיה סינתטית. אוליגונוקלאוטיד 5′-טריפוספטים הוכנו באופן היסטורי במבחנה בשיטות אנזימטיות. עם זאת, שיטות אלה מוגבלות לאוליגונוקלאוטידים RNA טבעיים, יש העדפות רצף חזקות, והן נוטות לייצר מוצרים הטרוגניים. שיטות חדשות של טריפוספורילציה כימית משלימות הן את העלות המופחתת של סינתזת אוליגונוקלאוטידים אוטומטית על ידי כימיה של זרחן-אמידיט והן את המגוון המגוון של שינויים בנוקלאוטידים הזמינים כיום. לפיכך, הסינתזה של טריפוספטים אוליגונוקלאוטידים של רצף ואורך שרירותיים, ובאופן אופציונלי המכילה שינויים לא טבעיים שונים, נגישה כעת.

מאמר זה מציג את השיטות והטכניקות המתאימות לטריפוספורילציה כימית של אוליגונוקלאוטידים באמצעות סליציל פוספורוכרידיט ופירופוספט. שיטה זו משתמשת בריאגנטים זמינים מסחרית, תואמת לרוב האוליגונוקלאוטידים שהוכנו בשיטות סינתזה סטנדרטיות של פאזה מוצקה, וניתן להשלים אותה תוך 2 שעות לאחר סינתזת אוליגונוקלאוטידים, לפני ההגנה והטיהור. שני שימושים של אוליגונוקלאוטידים טריגונוקלאוטידים בעלי טריפוספוריה כימית כסובסטרטים לאנזימי RNA קטליטיים, כולל סינתזה של גרסת תמונת מראה של ריבוזים של ראש הפטיש מטריפוספטים לא-ביולוגיים מסוג L-RNA טריפוספטים.