길이 척도에 걸친 염색체 형태 포착

염색체 형태 캡처(3C)는 3차원 염색질 상호 작용을 감지하는 데 사용됩니다. 일반적으로 포름알데히드(FA)와의 화학적 가교는 염색질 상호 작용을 수정하는 데 사용됩니다. 그런 다음 제한 효소를 사용한 염색질 분해와 단편 말단의 후속 재생은 3차원(3D) 근접성을 고유한 결찰 산물로 변환합니다. 마지막으로, 가교결합의 역전, 단백질 제거 및 DNA 분리 후, DNA를 전단하고 고처리량 시퀀싱을 위해 준비합니다. 유전자좌 쌍의 근접 결찰 빈도는 세포 집단의 3 차원 공간에서의 공동 국소화 빈도의 척도입니다.

시퀀싱된 Hi-C 라이브러리는 모든 유전자좌 쌍 간의 상호 작용 빈도에 대한 게놈 전체 정보를 제공합니다. Hi-C의 분해능과 정밀도는 염색질 접촉과 염색질의 빈번하고 균일한 단편화를 유지하는 효율적인 가교에 의존합니다. 이 논문에서는 두 개의 가교제(포름알데히드[FA] 및 디숙신이미딜 글루타레이트[DSG])를 결합한 후 두 가지 제한 효소(DpnII 및 DdeI)를 사용하여 더 미세하게 분해하여 가교 효율성을 높이는 개선된 현장 Hi-C 프로토콜인 Hi-C 3.0에 대해 설명합니다. Hi-C 3.0은 루프 및 토폴로지 연관 도메인(TAD)과 같은 더 작은 규모에서 게놈 접힘 특징과 구획과 같은 더 큰 핵 전체 규모의 특징을 정확하게 정량화하기 위한 단일 프로토콜입니다.