Rask kolonidannende enhetstelling i 96-brønns plateformat påført Drosophila-mikrobiomet

Tarmene til dyr er kolonisert av kommensale mikrober, noe som påvirker vertsutvikling, helse og oppførsel. Nøyaktig kvantifisering av kolonisering er avgjørende for å studere de komplekse interaksjonene mellom vert og mikrobe både for å validere den mikrobielle sammensetningen og studere dens effekter. Drosophila melanogaster, som har et lavt innfødt mikrobielt mangfold og er økonomisk å bak med definert mikrobiell sammensetning, har dukket opp som en modellorganisme for å studere tarmmikrobiomet. Analyse av mikrobiomet til en individuell organisme krever identifisering av hvilke mikrobielle arter som er tilstede og kvantifisering av deres absolutte overflod. Denne artikkelen presenterer en metode for analyse av et stort antall individuelle fluemikrobiomer. Fluene fremstilles i plater med 96 brønner, noe som gjør det mulig å håndtere et stort antall prøver samtidig. Mikrobiell overflod kvantifiseres ved å plating opptil 96 hele fluehomogenater på en enkelt agarplate i en rekke flekker og deretter telle kolonidannende enheter (CFUer) som vokser på hvert sted. Dette pletteringssystemet er parret med en automatisert CFU-kvantifiseringsplattform, som inkorporerer fotografering av platene, differensiering av fluorescerende kolonier og automatisert telling av koloniene ved hjelp av et ImageJ-plugin. Fordelene er at (i) denne metoden er følsom nok til å oppdage forskjeller mellom behandlinger, (ii) flekkbeleggmetoden er like nøyaktig som tradisjonelle pletteringsmetoder, og (iii) den automatiserte telleprosessen er nøyaktig og raskere enn manuell telling. Arbeidsflyten som presenteres her muliggjør kvantifisering av CFU-er med høy gjennomstrømning i et stort antall replikasjoner og kan brukes på andre mikrobiologiske studiesystemer, inkludert in vitro og andre smådyrmodeller.