AirID-gebaseerde nabijheidsetikettering voor eiwit-eiwitinteractie in planten

In zoogdiercellen en -planten zijn benaderingen van nabijheidsetikettering (PL) met behulp van gemodificeerd ascorbaatperoxidase (APEX) of de Escherichia coli-biotineligase BirA (bekend als BioID) succesvol gebleken bij het identificeren van eiwit-eiwitinteracties (PPI's). APEX, BioID en TurboID, een herziene versie van BioID, hebben naast waardevolle technologieën ook enkele beperkingen. De recent ontwikkelde AirID, een nieuwe versie van BioID voor nabijheidsidentificatie in eiwit-eiwitinteracties, heeft deze beperkingen overwonnen. Eerder werd AirID gebruikt in diermodellen, terwijl de huidige studie het gebruik van AirID in planten aantoont, en de resultaten bevestigden dat AirID beter presteert in plantsystemen in vergelijking met andere PL-enzymen zoals BioID en TurboID voor eiwitetikettering die proximaal zijn van de doeleiwitten. Hier is een stapsgewijs protocol voor het identificeren van eiwitinteractiepartners met behulp van AT4G18020 (APRR2) eiwit als model. De methoden beschrijven de constructie van vector, de transformatie van construct door agro-infiltratie, biotinetransformatie, extractie van eiwitten en verrijking van biotine-gelabelde eiwitten door middel van affiniteitszuiveringstechniek. De resultaten concluderen dat AirID een nieuw en ideaal enzym is voor het analyseren van PPI's in planten. De methode kan worden toegepast om andere eiwitten in planten te bestuderen.