Detectie van horizontale genoverdracht gemedieerd door natuurlijke conjugatieve plasmiden in E. coli

Conjugatie vertegenwoordigt een van de belangrijkste mechanismen die horizontale genoverdracht in Gram-negatieve bacteriën vergemakkelijken. Dit werk beschrijft methoden voor de studie van de mobilisatie van natuurlijk voorkomende conjugatieve plasmiden, met behulp van twee natuurlijk voorkomende plasmiden als voorbeeld. Deze protocollen zijn gebaseerd op de differentiële aanwezigheid van selecteerbare markers in donor-, ontvanger- en conjugatief plasmide. In het bijzonder omvatten de beschreven methoden 1) de identificatie van natuurlijke conjugatieve plasmiden, 2) de kwantificering van conjugatiesnelheden in vaste cultuur en 3) de diagnostische detectie van de antibioticaresistentiegenen en plasmide-replicontypen in transconjugante ontvangers door polymerasekettingreactie (PCR). De hier beschreven protocollen zijn ontwikkeld in het kader van het bestuderen van de evolutionaire ecologie van horizontale genoverdracht, om te screenen op de aanwezigheid van conjugatieve plasmiden met antibioticaresistentiegenen in bacteriën die in het milieu worden aangetroffen. De efficiënte overdracht van conjugatieve plasmiden waargenomen in deze experimenten in cultuur benadrukt de biologische relevantie van conjugatie als een mechanisme dat horizontale genoverdracht in het algemeen en de verspreiding van antibioticaresistentie in het bijzonder bevordert.