איתור העברת גנים אופקית בתיווך פלסמידים מצומדים טבעיים באי-קולי

הצמידות מייצגת את אחד המנגנונים העיקריים המאפשרים העברת גנים אופקית בחיידקים גראם-שליליים. עבודה זו מתארת שיטות לחקר הגיוס של פלסמידים מצומדים טבעיים, תוך שימוש בשני פלסמידים טבעיים כדוגמה. פרוטוקולים אלה מסתמכים על נוכחות דיפרנציאלית של סמנים הניתנים לבחירה בפלסמיד תורם, מקבל ומצומד. באופן ספציפי, השיטות המתוארות כוללות 1) זיהוי פלסמידים מצומדים טבעיים, 2) כימות שיעורי הצמידות בתרבית מוצקה, ו -3) זיהוי אבחון של גנים עמידים לאנטיביוטיקה וסוגי רפליקון פלסמיד במקבלי טרנס-מצומדים על ידי תגובת שרשרת פולימראז (PCR). הפרוטוקולים המתוארים כאן פותחו בהקשר של חקר האקולוגיה האבולוציונית של העברת גנים אופקית, כדי לסנן נוכחות של פלסמידים מצומדים הנושאים גנים של עמידות לאנטיביוטיקה בחיידקים הנמצאים בסביבה. ההעברה היעילה של פלסמידים מצומדים שנצפתה בניסויים אלה בתרבית מדגישה את הרלוונטיות הביולוגית של הצמידות כמנגנון המקדם העברת גנים אופקית בכלל והתפשטות עמידות לאנטיביוטיקה בפרט.