Påvisning av horisontal genoverføring mediert av naturlige konjugative plasmider i E. coli

Konjugering representerer en av hovedmekanismene som muliggjør horisontal genoverføring i gramnegative bakterier. Dette arbeidet beskriver metoder for studier av mobilisering av naturlig forekommende konjugative plasmider, ved hjelp av to naturlig forekommende plasmider som et eksempel. Disse protokollene er avhengige av differensiell tilstedeværelse av valgbare markører i donor, mottaker og konjugativ plasmid. Spesielt inkluderer de beskrevne metodene 1) identifisering av naturlige konjugative plasmider, 2) kvantifisering av konjugasjonshastigheter i fast kultur, og 3) diagnostisk påvisning av antibiotikaresistensgener og plasmidreplicontyper hos transkonjugante mottakere ved polymerasekjedereaksjon (PCR). Protokollene beskrevet her er utviklet i sammenheng med å studere evolusjonær økologi av horisontal genoverføring, for å skjerme for tilstedeværelse av konjugative plasmider som bærer antibiotikaresistensgener i bakterier som finnes i miljøet. Den effektive overføringen av konjugative plasmider observert i disse forsøkene i kultur fremhever den biologiske relevansen av konjugering som en mekanisme som fremmer horisontal genoverføring generelt og spredning av antibiotikaresistens spesielt.