Detektion av horisontell genöverföring medierad av naturliga konjugativa plasmider i E. coli

Konjugering representerar en av de viktigaste mekanismerna som underlättar horisontell genöverföring i gramnegativa bakterier. Detta arbete beskriver metoder för studier av mobilisering av naturligt förekommande konjugativa plasmider, med två naturligt förekommande plasmider som exempel. Dessa protokoll förlitar sig på differentiell närvaro av valbara markörer i donator, mottagare och konjugativ plasmid. Specifikt innefattar de beskrivna metoderna 1) identifiering av naturliga konjugativa plasmider, 2) kvantifiering av konjugeringshastigheter i fast kultur och 3) diagnostisk detektion av antibiotikaresistensgener och plasmidreplicontyper hos transkonjuganta mottagare genom polymeraskedjereaktion (PCR). De protokoll som beskrivs här har utvecklats i samband med att studera den evolutionära ekologin för horisontell genöverföring, för att screena för närvaron av konjugativa plasmider som bär antibiotikaresistensgener i bakterier som finns i miljön. Den effektiva överföringen av konjugativa plasmider som observerats i dessa experiment i odling belyser den biologiska relevansen av konjugering som en mekanism som främjar horisontell genöverföring i allmänhet och spridningen av antibiotikaresistens i synnerhet.