E. coli'de Doğal Konjugatif Plazmidlerin Aracılık Ettiği Yatay Gen Transferinin Saptanması

Konjugasyon, Gram-negatif bakterilerde yatay gen transferini kolaylaştıran ana mekanizmalardan birini temsil eder. Bu çalışma, doğal olarak oluşan iki plazmidi örnek olarak kullanarak, doğal olarak oluşan konjugatif plazmidlerin mobilizasyonunun incelenmesi için yöntemleri açıklamaktadır. Bu protokoller, donör, alıcı ve konjugatif plazmiddeki seçilebilir belirteçlerin diferansiyel varlığına dayanır. Spesifik olarak, tarif edilen yöntemler arasında 1) doğal konjugatif plazmidlerin tanımlanması, 2) katı kültürde konjugasyon oranlarının nicelleştirilmesi ve 3) transkonjugant alıcılarda antibiyotik direnç genlerinin ve plazmid replikon tiplerinin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile tanısal olarak saptanması yer almaktadır. Burada açıklanan protokoller, yatay gen transferinin evrimsel ekolojisini incelemek ve çevrede bulunan bakterilerde antibiyotik dirençli genler taşıyan konjugatif plazmidlerin varlığını taramak için geliştirilmiştir. Bu deneylerde gözlenen konjugatif plazmidlerin kültüre etkin transferi, genel olarak yatay gen transferini ve özellikle antibiyotik direncinin yayılmasını teşvik eden bir mekanizma olarak konjugasyonun biyolojik uygunluğunu vurgulamaktadır.