I Silico Identifiering och karakterisering av circRNA under värd-patogeninteraktioner

Cirkulära RNA (circRNA) är en klass av icke-kodande RNA som bildas via back-splitsning. Dessa circRNA studeras främst för deras roller som regulatorer av olika biologiska processer. I synnerhet visar nya bevis att värd-circRNA kan uttryckas differentiellt (DE) vid infektion med patogener (t.ex. influensa och koronavirus), vilket tyder på en roll för circRNA vid reglering av värdmedfödda immunsvar. Undersökningar av cirRNA: s roll under patogena infektioner begränsas emellertid av de kunskaper och färdigheter som krävs för att utföra den nödvändiga bioinformatiska analysen för att identifiera DE-circRNA från RNA-sekvenseringsdata (RNA-seq). Bioinformatisk förutsägelse och identifiering av circRNA är avgörande före någon verifiering och funktionella studier med kostsamma och tidskrävande våtlaboratorietekniker. För att lösa detta problem tillhandahålls ett steg-för-steg-protokoll för in silico-förutsägelse och karakterisering av circRNA med hjälp av RNA-seq-data i detta manuskript. Protokollet kan delas in i fyra steg: 1) Prediktion och kvantifiering av DE-circRNA via CIRIquant-pipelinen; 2) Annotering via circBase och karakterisering av DE-circRNA; 3) CircRNA-miRNA-interaktionsförutsägelse genom Circr-pipeline; 4) funktionell anrikningsanalys av circRNA-föräldragener med hjälp av Gene Ontology (GO) och Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). Denna pipeline kommer att vara användbar för att driva framtida in vitro - och in vivo-forskning för att ytterligare avslöja rollen av circRNA i värd-patogeninteraktioner.