Kortlægning af pattedyrs 3D-genominteraktioner med Micro-C-XL

Tredimensionel (3D) kromosomorganisation er en vigtig faktor i genomregulering og celletypespecifikation. For eksempel menes cis-regulerende elementer, kendt som forstærkere, at regulere aktiviteten af distale promotorer via interaktion i 3D-rum. Genom-wide chromosome conformation capture (3C)-teknologier, såsom Hi-C, har ændret vores forståelse af, hvordan genomer er organiseret i celler. Den nuværende forståelse af 3D-genomorganisation er begrænset af den opløsning, hvormed den topologiske organisering af kromosomer i 3D-rummet kan løses. Micro-C-XL måler kromosomfoldning med opløsning på niveauet af nukleosomet, den grundlæggende enhed af kromatin, ved at anvende mikrokoknuklease (MNase) til at fragmentere genomer under kromosomkonformationsoptagelsesprotokollen. Dette resulterer i et forbedret signal-støj-forhold i målingerne, hvilket letter bedre detektion af isoleringssteder og kromosomsløjfer sammenlignet med andre genomdækkende 3D-teknologier. En visuelt understøttet, detaljeret, trinvis protokol til fremstilling af Micro-C-XL-prøver af høj kvalitet fra pattedyrceller præsenteres i denne artikel.