Préparation d’échantillons de piégeage de suspension de protéines pour la protéomique lacrymale par chromatographie liquide et spectrométrie de masse en tandem

Le liquide lacrymal est l’un des biofluides facilement accessibles qui peuvent être collectés de manière non invasive. La protéomique lacrymale a le potentiel de découvrir des biomarqueurs pour plusieurs maladies et affections oculaires. La colonne de piégeage en suspension s’est avérée être un flux de travail efficace et convivial pour la préparation d’échantillons pour une large application de l’analyse protéomique en aval. Pourtant, cette stratégie n’a pas été bien étudiée dans l’analyse du protéome lacrymal humain. Le présent protocole décrit un flux de travail intégré allant des échantillons cliniques de larmes humaines aux peptides purifiés pour la recherche non invasive de biomarqueurs de protéines lacrymales à l’aide de la spectrométrie de masse, qui fournit des informations sur les biomarqueurs et la surveillance de la maladie lorsqu’elle est combinée à l’analyse bioinformatique. Une préparation d’échantillons de piégeage de suspension protéique a été appliquée et a démontré la découverte du protéome lacrymal avec des procédures rapides, reproductibles et conviviales, en tant que préparation d’échantillon universelle et optimisée pour l’analyse du liquide lacrymal humain. En particulier, la procédure de piégeage en suspension a surpassé la préparation d’échantillons en solution en termes de récupération de peptides, d’identification des protéines et de temps de préparation des échantillons plus court.