Eine Proteinsuspensions-Trapping-Probenvorbereitung für die Tränenproteomik mittels Flüssigkeitschromatographie-Tandem-Massenspektrometrie

Tränenflüssigkeit gehört zu den leicht zugänglichen Bioflüssigkeiten, die nicht-invasiv gesammelt werden können. Die Tränenproteomik hat das Potenzial, Biomarker für verschiedene Augenerkrankungen und -zustände zu entdecken. Es wurde berichtet, dass die Suspensions-Trapping-Säule ein effizienter und benutzerfreundlicher Arbeitsablauf für die Probenvorbereitung für die breite Anwendung der nachgeschalteten Proteomanalyse ist. Diese Strategie ist jedoch bei der Analyse des menschlichen Tränenproteoms nicht gut untersucht. Das vorliegende Protokoll beschreibt einen integrierten Arbeitsablauf von klinischen menschlichen Tränenproben bis hin zu gereinigten Peptiden für die nicht-invasive Tränenprotein-Biomarker-Forschung mittels Massenspektrometrie, die in Kombination mit bioinformatischer Analyse Einblicke in Krankheitsbiomarker und -überwachung bietet. Eine Proteinsuspensions-Trapping-Probenvorbereitung wurde angewendet und demonstrierte die Entdeckung des Tränenproteoms mit schnellen, reproduzierbaren und benutzerfreundlichen Verfahren als universelle, optimierte Probenvorbereitung für die Analyse menschlicher Tränenflüssigkeit. Insbesondere übertraf das Suspensionsauffangverfahren die Probenvorbereitung in Lösung in Bezug auf die Peptidrückgewinnung, die Proteinidentifikation und die kürzere Probenvorbereitungszeit.