Multiplexed stregkode billedanalyse til immunprofilering og rumlig kortlægning karakterisering i enkeltcelleanalyse af paraffinvævsprøver

Multiplexed billeddannelsesteknologi ved hjælp af antistofstregkodning med oligonukleotider, som sekventielt detekterer flere epitoper i samme vævssektion, er en effektiv metode til tumorevaluering, der forbedrer forståelsen af tumormikromiljøet. Visualiseringen af proteinekspression i formalinfikserede, paraffinindlejrede væv opnås, når en specifik fluorofor udglødes til en antistofbundet stregkode via komplementære oligonukleotider, og derefter udføres prøvebilleddannelse; Faktisk tillader denne metode brugen af tilpassede paneler med mere end 40 antistoffer i en enkelt vævsfarvningsreaktion. Denne metode er kompatibel med frisk frosset væv, formalinfikseret, paraffinindlejret væv, dyrkede celler og mononukleære celler i perifert blod, hvilket betyder, at forskere kan bruge denne teknologi til at se en række prøvetyper ved enkeltcelleopløsning. Denne metode starter med en manuel farvnings- og fastgørelsesprotokol, og alle antistofstregkoder påføres ved hjælp af en antistofcocktail. Farvningsfluidikinstrumentet er fuldt automatiseret og udfører iterative cyklusser med mærkning, billeddannelse og fjernelse af spektralt forskellige fluoroforer, indtil alle biomarkører er blevet afbildet ved hjælp af et standard fluorescensmikroskop. Billederne indsamles og kompileres derefter på tværs af alle billeddannelsescyklusser for at opnå enkeltcelleopløsning for alle markørerne. Enkelttrinsfarvning og skånsom fjernelse af fluorofor giver ikke kun mulighed for stærkt multiplekset biomarkøranalyse, men bevarer også prøven til yderligere nedstrømsanalyse, hvis det ønskes (f.eks. Hæmatoxylin og eosinfarvning). Desuden muliggør billedanalysesoftwaren billedbehandling-drift kompensation, baggrundssubtraktion, cellesegmentering og klyngedannelse - samt visualisering og analyse af billeder og cellefænotyper til generering af rumlige netværkskort. Sammenfattende anvender denne teknologi et computeriseret mikrofluidiksystem og fluorescensmikroskop til iterativt at hybridisere, afbilde og strippe fluorescerende mærkede DNA-sonder, der er komplementære til vævsbundne, oligonukleotidkonjugerede antistoffer.