Analyse d’images de codes à barres multiplexés pour l’immunoprofilage et la caractérisation de la cartographie spatiale dans l’analyse unicellulaire d’échantillons de tissus de paraffine

La technologie d’imagerie multiplexée utilisant le codage à barres d’anticorps avec des oligonucléotides, qui détecte séquentiellement plusieurs épitopes dans la même section de tissu, est une méthodologie efficace pour l’évaluation de la tumeur qui améliore la compréhension du microenvironnement tumoral. La visualisation de l’expression des protéines dans les tissus fixés au formol et incorporés dans la paraffine est réalisée lorsqu’un fluorophore spécifique est recuit à un code-barres lié à un anticorps via des oligonucléotides complémentaires, puis que l’imagerie de l’échantillon est effectuée; En effet, cette méthode permet l’utilisation de panels personnalisables de plus de 40 anticorps dans une seule réaction de coloration tissulaire. Cette méthode est compatible avec les tissus frais congelés, les tissus fixés au formol, incorporés dans la paraffine, les cellules en culture et les cellules mononucléaires du sang périphérique, ce qui signifie que les chercheurs peuvent utiliser cette technologie pour visualiser une variété de types d’échantillons à une résolution unicellulaire. Cette méthode commence par un protocole de coloration et de fixation manuelle, et tous les codes-barres d’anticorps sont appliqués à l’aide d’un cocktail d’anticorps. L’instrument de fluidique de coloration est entièrement automatisé et effectue des cycles itératifs de marquage, d’imagerie et d’élimination des fluorophores spectralement distincts jusqu’à ce que tous les biomarqueurs aient été imagés à l’aide d’un microscope à fluorescence standard. Les images sont ensuite collectées et compilées à travers tous les cycles d’imagerie pour obtenir une résolution unicellulaire pour tous les marqueurs. La coloration en une seule étape et l’élimination douce des fluorophores permettent non seulement une analyse hautement multiplexée des biomarqueurs, mais préservent également l’échantillon pour une analyse supplémentaire en aval si désiré (p. ex. coloration à l’hématoxyline et à l’éosine). En outre, le logiciel d’analyse d’images permet le traitement d’images - compensation de dérive, soustraction d’arrière-plan, segmentation cellulaire et regroupement - ainsi que la visualisation et l’analyse des images et des phénotypes cellulaires pour la génération de cartes de réseaux spatiaux. En résumé, cette technologie utilise un système microfluidique informatisé et un microscope à fluorescence pour hybrider, imager et dépouiller itérativement des sondes d’ADN marquées par fluorescence qui sont complémentaires aux anticorps conjugués oligonucléotidiques liés aux tissus.