ניתוח תמונת ברקוד מרובה פרופיל חיסוני ואפיון מיפוי מרחבי באנליזה חד-תאית של דגימות רקמת פרפין

טכנולוגיית הדמיה מרובת משתתפים באמצעות ברקוד נוגדנים עם אוליגונוקלאוטידים, המזהה ברצף אפיטופים מרובים באותו חתך רקמה, היא מתודולוגיה יעילה להערכת הגידול המשפרת את הבנת המיקרו-סביבה של הגידול. ההדמיה של ביטוי חלבונים ברקמות קבועות פורמלין, משובצות פרפין מושגת כאשר פלואורופור מסוים מחושל לברקוד הקשור לנוגדנים באמצעות אוליגונוקלאוטידים משלימים ולאחר מכן מבוצעת הדמיית דגימה; ואכן, שיטה זו מאפשרת שימוש בפאנלים הניתנים להתאמה אישית של יותר מ -40 נוגדנים בתגובת צביעה רקמה אחת. שיטה זו תואמת לרקמות קפואות טריות, רקמה קבועה פורמלין, משובצת פרפין, תאים בתרבית ותאי דם מונוגרעיניים היקפיים, כלומר חוקרים יכולים להשתמש בטכנולוגיה זו כדי להציג מגוון סוגי דגימות ברזולוציה של תא יחיד. שיטה זו מתחילה בפרוטוקול צביעה ותיקון ידני, וכל ברקודי הנוגדנים מיושמים באמצעות קוקטייל נוגדנים. מכשיר הפלואורופולוגיה המכתימה הוא אוטומטי לחלוטין ומבצע מחזורים איטרטיביים של תיוג, הדמיה והסרה של פלואורופורים מובחנים ספקטרלית עד שכל הסמנים הביולוגיים צולמו באמצעות מיקרוסקופ פלואורסצנטי סטנדרטי. לאחר מכן התמונות נאספות ומורכבות על פני כל מחזורי ההדמיה כדי להשיג רזולוציה של תא בודד עבור כל הסמנים. הצביעה בצעד אחד והסרת פלואורופור עדינה לא רק מאפשרים ניתוח סמנים ביולוגיים מרובים מאוד, אלא גם משמרים את הדגימה לניתוח נוסף במורד הזרם במידת הצורך (למשל, המטוקסילין וצביעת אאוזין). יתר על כן, תוכנת ניתוח התמונה מאפשרת עיבוד תמונה - פיצוי סחף, חיסור רקע, פילוח תאים ואשכולות - כמו גם ויזואליזציה וניתוח של התמונות ופנוטיפים התא ליצירת מפות רשת מרחבית. לסיכום, טכנולוגיה זו משתמשת במערכת מיקרופלואידיקה ממוחשבת ומיקרוסקופ פלואורסצנטי כדי לבצע הכלאה איטרטיבית, תמונה והסרה של בדיקות DNA המסומנות באופן פלואורסצנטי המשלימות נוגדנים מצומדים אוליגונוקלאוטידים הקשורים לרקמות.