パラフィン組織サンプルの単一細胞分析における免疫プロファイリングと空間マッピングの特性評価のための多重バーコード画像解析(英語)

同一組織切片内の複数のエピトープを順次検出するオリゴヌクレオチドを用いた抗体バーコーディングを用いたマルチプレックスイメージング技術は、腫瘍微小環境の理解を向上させる腫瘍評価に有効な方法論です。ホルマリン固定パラフィン包埋組織におけるタンパク質発現の可視化は、特定の蛍光色素を相補的なオリゴヌクレオチド を介して 抗体結合バーコードにアニーリングし、サンプルイメージングを行うことで実現されます。実際、この方法では、1回の組織染色反応で40を超える抗体のカスタマイズ可能なパネルを使用できます。この方法は、新鮮な凍結組織、ホルマリン固定、パラフィン包埋組織、培養細胞、および末梢血単核細胞と互換性があるため、研究者はこの技術を使用して、さまざまなサンプルタイプを単一細胞の解像度で表示できます。この方法は、手動の染色および固定プロトコルから始まり、すべての抗体バーコードは抗体カクテルを使用して適用されます。染色流路計測器は完全に自動化されており、標準的な蛍光顕微鏡を使用してすべてのバイオマーカーがイメージングされるまで、スペクトル的に異なる蛍光色素の標識、イメージング、除去の反復サイクルを実行します。次に、画像を収集し、すべてのイメージングサイクルにわたってコンパイルして、すべてのマーカーの単一セル解像度を実現します。シングルステップ染色と穏やかな蛍光色素除去により、高度にマルチプレックス化されたバイオマーカー分析が可能になるだけでなく、必要に応じて追加の下流分析(ヘマトキシリンやエオジン染色など)のためにサンプルを保存することもできます。さらに、画像解析ソフトウェアは、画像処理(ドリフト補正、バックグラウンド減算、細胞セグメンテーション、クラスタリング)を可能にし、空間ネットワークマップを生成するための画像と細胞表現型の視覚化と分析を可能にします。要約すると、この技術は、コンピューター化されたマイクロ流体システムと蛍光顕微鏡を使用して、組織結合したオリゴヌクレオチド結合抗体に相補的な蛍光標識DNAプローブを反復的にハイブリダイズ、画像化、およびストリップします。