Multiplexed Barcoding bildeanalyse for immunprofilering og romlig kartlegging karakterisering i enkeltcelleanalyse av parafinvevsprøver

Multiplexed imaging teknologi ved hjelp av antistoffstrekkoding med oligonukleotider, som sekvensielt oppdager flere epitoper i samme vevsseksjon, er en effektiv metodikk for tumorevaluering som forbedrer forståelsen av tumormikromiljøet. Visualiseringen av proteinuttrykk i formalinfiksert, parafininnebygd vev oppnås når en spesifikk fluorofor er glødet til en antistoffbundet strekkode via komplementære oligonukleotider og deretter prøveavbildning utføres; Faktisk tillater denne metoden bruk av tilpassbare paneler med mer enn 40 antistoffer i en enkelt vevfargingsreaksjon. Denne metoden er kompatibel med ferskt frosset vev, formalinfiksert, parafininnebygd vev, dyrkede celler og mononukleære celler i perifert blod, noe som betyr at forskere kan bruke denne teknologien til å se en rekke prøvetyper ved enkeltcelleoppløsning. Denne metoden starter med en manuell farge- og festeprotokoll, og alle antistoffstrekkodene påføres ved hjelp av en antistoffcocktail. Instrumentet for fargefluidikk er helautomatisert og utfører iterative sykluser med merking, avbildning og fjerning av spektralt distinkte fluoroforer til alle biomarkørene er avbildet ved hjelp av et standard fluorescensmikroskop. Bildene blir deretter samlet og kompilert på tvers av alle bildebehandlingssyklusene for å oppnå enkeltcelleoppløsning for alle markørene. Enkelttrinnsfarging og skånsom fluoroforfjerning tillater ikke bare svært multiplekset biomarkøranalyse, men bevarer også prøven for ytterligere nedstrømsanalyse om ønskelig (f.eks. Hematoksylin- og eosinfarging). Videre muliggjør bildeanalyseprogramvaren bildebehandling-driftkompensasjon, bakgrunnssubtraksjon, cellesegmentering og klynger - samt visualisering og analyse av bildene og cellefenotypene for generering av romlige nettverkskart. Oppsummert benytter denne teknologien et datastyrt mikrofluidikksystem og fluorescensmikroskop for iterativt å hybridisere, avbilde og stripe fluorescerende merkede DNA-prober som er komplementære til vevbundne, oligonukleotid-konjugerte antistoffer.