Мультиплексный анализ изображений штрих-кодирования для иммунопрофилирования и пространственного картирования при одноклеточном анализе образцов парафиновой ткани

Технология мультиплексной визуализации с использованием штрих-кодирования антител олигонуклеотидами, которая последовательно обнаруживает несколько эпитопов в одном и том же участке ткани, является эффективной методологией оценки опухоли, которая улучшает понимание микроокружения опухоли. Визуализация экспрессии белка в фиксированных формалином и залитых парафином тканях достигается, когда специфический флуорофор отжигают до связанного с антителом штрих-кода с помощью комплементарных олигонуклеотидов, а затем выполняют визуализацию образца; Действительно, этот метод позволяет использовать настраиваемые панели из более чем 40 антител в одной реакции окрашивания ткани. Этот метод совместим со свежезамороженными тканями, фиксированными формалином, залитыми парафином тканями, культивируемыми клетками и мононуклеарными клетками периферической крови, а это означает, что исследователи могут использовать эту технологию для просмотра различных типов образцов с разрешением одной клетки. Этот метод начинается с ручного протокола окрашивания и фиксации, и все штрих-коды антител наносятся с помощью коктейля антител. Прибор для окрашивания флюидов полностью автоматизирован и выполняет итеративные циклы маркировки, визуализации и удаления спектрально различных флуорофоров до тех пор, пока все биомаркеры не будут отображены с помощью стандартного флуоресцентного микроскопа. Затем изображения собираются и компилируются по всем циклам визуализации для достижения разрешения одной ячейки для всех маркеров. Одноступенчатое окрашивание и щадящее удаление флуорофора не только позволяют проводить высокомультиплексный анализ биомаркеров, но и сохраняют образец для дополнительного последующего анализа, если это необходимо (например, окрашивание гематоксилином и эозином). Кроме того, программное обеспечение для анализа изображений позволяет обрабатывать изображения - компенсацию дрейфа, вычитание фона, сегментацию клеток и кластеризацию, а также визуализировать и анализировать изображения и фенотипы клеток для создания карт пространственной сети. Таким образом, эта технология использует компьютеризированную систему микрофлюидики и флуоресцентный микроскоп для итеративной гибридизации, изображения и удаления флуоресцентно меченных ДНК-зондов, которые комплементарны связанным с тканью олигонуклеотид-конъюгированным антителам.