Análisis de imágenes de código de barras multiplexadas para inmunoperfilado y caracterización de mapeo espacial en el análisis unicelular de muestras de tejido de parafina

La tecnología de imágenes multiplexadas que utiliza códigos de barras de anticuerpos con oligonucleótidos, que detecta secuencialmente múltiples epítopos en la misma sección de tejido, es una metodología efectiva para la evaluación de tumores que mejora la comprensión del microambiente tumoral. La visualización de la expresión de proteínas en tejidos fijados en formalina e incrustados en parafina se logra cuando un fluoróforo específico se recoce a un código de barras unido a anticuerpos a través de oligonucleótidos complementarios y luego se realiza una imagen de muestra; De hecho, este método permite el uso de paneles personalizables de más de 40 anticuerpos en una sola reacción de tinción tisular. Este método es compatible con tejido fresco congelado, tejido fijado en formalina, tejido incrustado en parafina, células cultivadas y células mononucleares de sangre periférica, lo que significa que los investigadores pueden usar esta tecnología para ver una variedad de tipos de muestras a una resolución de una sola célula. Este método comienza con un protocolo manual de tinción y fijación, y todos los códigos de barras de anticuerpos se aplican utilizando un cóctel de anticuerpos. El instrumento de tinción fluídica está totalmente automatizado y realiza ciclos iterativos de etiquetado, imágenes y eliminación de fluoróforos espectralmente distintos hasta que todos los biomarcadores hayan sido fotografiados utilizando un microscopio de fluorescencia estándar. Luego, las imágenes se recopilan y compilan en todos los ciclos de imágenes para lograr una resolución de una sola célula para todos los marcadores. La tinción de un solo paso y la eliminación suave del fluoróforo no solo permiten el análisis de biomarcadores altamente multiplexados, sino que también preservan la muestra para un análisis posterior adicional si se desea (por ejemplo, tinción de hematoxilina y eosina). Además, el software de análisis de imágenes permite el procesamiento de imágenes (compensación de deriva, sustracción de fondo, segmentación celular y agrupamiento), así como la visualización y análisis de las imágenes y fenotipos celulares para la generación de mapas de redes espaciales. En resumen, esta tecnología emplea un sistema microfluídico computarizado y un microscopio de fluorescencia para hibridar iterativamente, obtener imágenes y tirar sondas de ADN marcadas con fluorescencia que son complementarias a los anticuerpos conjugados con oligonucleótidos unidos a tejidos.