Multiplexerad streckkodande bildanalys för immunprofilering och karakterisering av rumslig kartläggning vid encellsanalys av paraffinvävnadsprover

Multiplexerad bildteknik med antikroppsstreckkodning med oligonukleotider, som sekventiellt detekterar flera epitoper i samma vävnadssnitt, är en effektiv metod för tumörutvärdering som förbättrar förståelsen för tumörmikromiljön. Visualiseringen av proteinuttryck i formalinfixerade, paraffininbäddade vävnader uppnås när en specifik fluorofor glödgas till en antikroppsbunden streckkod via komplementära oligonukleotider och sedan provavbildning utförs; Faktum är att denna metod möjliggör användning av anpassningsbara paneler med mer än 40 antikroppar i en enda vävnadsfärgningsreaktion. Denna metod är kompatibel med färsk frusen vävnad, formalinfixerad, paraffininbäddad vävnad, odlade celler och mononukleära celler i perifert blod, vilket innebär att forskare kan använda denna teknik för att se en mängd olika provtyper vid encellsupplösning. Denna metod börjar med ett manuellt färgnings- och fixeringsprotokoll, och alla antikroppsstreckkoder appliceras med en antikroppscocktail. Färgningsfluidikinstrumentet är helt automatiserat och utför iterativa cykler för märkning, avbildning och avlägsnande av spektralt distinkta fluoroforer tills alla biomarkörer har avbildats med hjälp av ett standardfluorescensmikroskop. Bilderna samlas sedan in och sammanställs över alla bildcykler för att uppnå encellsupplösning för alla markörer. Färgning i ett steg och skonsam borttagning av fluorofor möjliggör inte bara mycket multiplexerad biomarköranalys utan bevarar också provet för ytterligare nedströmsanalys om så önskas (t.ex. hematoxylin och eosinfärgning). Dessutom möjliggör bildanalysprogramvaran bildbehandlingskompensation, bakgrundssubtraktion, cellsegmentering och klustring samt visualisering och analys av bilder och cellfenotyper för generering av rumsliga nätverkskartor. Sammanfattningsvis använder denna teknik ett datoriserat mikrofluidiksystem och fluorescensmikroskop för att iterativt hybridisera, avbilda och strippa fluorescerande märkta DNA-sonder som kompletterar vävnadsbundna, oligonukleotidkonjugerade antikroppar.